微生物基因组转录组精读.pptx

ye.tao@2012年11月 微生物基因组测序 微生物基因组de novo测序 细菌基因组de novo测序 真菌基因组de novo测序 病毒（DNA病毒）基因组de novo测序 细菌和真菌基因组重测序 案例解析 主要内容 微生物基因组de novo测序 细菌基因组de novo测序 真菌基因组de novo测序 病毒（DNA病毒）基因组de novo测序 细菌和真菌基因组重测序 案例解析 主要内容 测序平台和策略 Illumina Solexa测序---细菌基因组scanning、真菌基因组survey Roche 454+ Illumina Solexa测序---真菌精细图 Roche 454+ Illumina Solexa+ABI 3730xl测序-完成图 Roche 454---病毒基因组测序；基因组水平开发SSR Roche 454 Coverage 40X circle Illumina Coverage 100X 基因组survey组装 优化的基因组完成图策略 1+1+1 3 成为可能！ 生物信息学分析 一站式服务 细菌基因组圈图 COG功能分类 细菌共线性分析 全基因组水平系统进化树构建 目前已完成细菌完成图测序20余例，包括链霉菌(高GC)、单胞菌(高GC、多复杂结构)、乳酸菌等； 完成精细图测序上100例； 名称 双歧杆菌 某海洋菌 链霉菌 假单胞菌 核型多角体病毒 基因组大小 2.1Mb 7.2Mb 11Mb 5Mb 154K 基因组复杂度 简单 中等 高GC IS多，部分区域结构复杂 中等 GC含量 59% 34.4% 71% 63.9% 40.1% 测序方法 454 Single Sanger 454 Paired- End Sanger 454 Paired- End Solexa 454 Paired- End Solexa Roche 454 GS FLX(single) + Illumina PE Scaffolds（个） 5 13 24 17 circle Contigs（个） 5 82 125 47 完成图周期 1个月 2.5个月 4个月 3个月 1.5个月（精细图） 最终，细菌基因组完成图测序实现零gap！ 微生物基因组de novo测序 细菌基因组de novo测序 真菌基因组de novo测序 病毒（DNA病毒）基因组de novo测序 细菌和真菌基因组重测序 案例解析 主要内容 重测序分析及应用 微生物基因组de novo测序 细菌基因组de novo测序 真菌基因组de novo测序 病毒（DNA病毒）基因组de novo测序 细菌和真菌基因组重测序 案例解析 主要内容 Gene Annotation SSR Identification GO Classification Enrichment SSR Identification SSR Identification SSR Identification 材料选择 2株分离自自然界的真菌菌株--- Y34 and P131 测序策略 Sanger(insertion size of 1.5 kb to 3.5 kb )+ Roche GS-FLX(reads with an average length of 240- and 380-bp) 测序情况 组装效果 生物信息学分析 以strain 70-15的基因组作为reference，对这两株菌进行比较基因组学分析 基因预测及注释 直系同源基因分析 进化树构建（NJ法） Ka/Ks分析 重复序列和转座元件分析 基因组概况 同源基因分析 基因家族分析 OrthoMCL 重复序列分析 重复序列分析 H97 —— 8.26X Sanger JB137-S8 —— 454 Illumina H97 —— Sanger 50kbp 19 largest scaffolds Genetic Map: 92 13 LGs JB137-S8 50kbp 50 scaffolds 特色比较基因组分析 特色比较基因组分析 HTPs Gene Family Expansion 转录组分析 carbohydrate- active enzymes (CAZymes) 转录组分析 oxidoreductases 谢谢！