R density dot plot.docx

R graph: scatter plot 如果你的图里有很多点，并且它们互相重叠了，或者你就是想用scatter plot来展示出第三维数据的信息，那么你可以使用R来解决这个问题。 Density dot plot densCols() plot() R的基础包里有一个函数densCols()可以实现将点的密度转换成颜色的功能，并且返回一个vector。再结合plot()就可以实现density dot plot的功能了。 #准备数据，即点的横纵坐标值 x - rbind(matrix(rnorm(1e3), ncol = 2), matrix(rnorm(1e3, mean = 3, sd = 1.5), ncol = 2) ) #创建代表点密度的vector，可以根据自己的喜好对colramp进行设置 dcols - densCols(x, colramp = colorRampPalette(blues9[-(1:3)])) #作图 plot(x, col = dcols, pch = 20,xlab=,ylab=) ggplot2 ggplot同样可以实现上述density dot plot.需要用到stat_bin2d()函数。函数smoothScatter()也可以实现。 #准备数据,ggplot的test dataset head(diamonds) carat cut color clarity depth table price x y z 1 0.23 Ideal E SI2 61.5 55 326 3.95 3.98 2.43 2 0.21 Premium E SI1 59.8 61 326 3.89 3.84 2.31 3 0.23 Good E VS1 56.9 65 327 4.05 4.07 2.31 4 0.29 Premium I VS2 62.4 58 334 4.20 4.23 2.63 5 0.31 Good J SI2 63.3 58 335 4.34 4.35 2.75 6 0.24 Very Good J VVS2 62.8 57 336 3.94 3.96 2.48 #作图 test-ggplot(diamonds,aes(x=carat,y=price)) #直接使用geom_point()对点进行半透明化（右图）仍然难以消除重叠的影响 test+geom_point(alpha=0.01) #使用stat_bin2d()将空间分成bin，然后计算每个bin的density（图左）分辨率太低！ test+stat_bin_2d() #增加bin的数目，并对颜色和图注显示范围进行设置（图右） test+stat_bin2d(bins=60)+scale_fill_gradient(low=lightblue,high=red,limits=c(0,6000)) scatter plot to show more than two variables 有时候我们需要用使用scatter plot表示更多维的信息，也就是将点进行分类。 #数据 head(mtcars) mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4 Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4 Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1 Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1 Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2 Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1 #使用颜色分类(左图) p-ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) p + geom