pymol使用笔记讲解.doc

做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。 Pymol的笔记 3 软件安装与初始设置 3 Pml格式的右键菜单 3 软件使用难题与Bug 3 单字母标记氨基酸残基Windows用户 3 基本知识 4 景深 4 全屏 4 通用命令 5 例一 5 结构显示细调 5 选择 6 选择原子 6 选择侧链 6 选择骨架上的原子 6 选择钙离子 6 选择范围内原子 6 从选择的原子扩展到残基 6 color 7 彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev） 7 颜色举例 7 label 7 label字体 7 设定label距离 7 label举例 7 label氨基酸残基 7 氢键 8 氢键概念 8 目前使用的氢键做法： 8 各种方法氢键数量比较 8 氢键做法汇总 8 结构叠加比对 9 Align命令用法 9 Wiki中的align命令 9 静电势APBS（目前没有大问题） 10 各种静电势方法总结 10 安装 10 精简的步骤 10 分链作图 11 动画 11 Pymol出动画图方法 11 手工抽图方法 11 每帧都被光线追踪 11 友立GIF动画使用 11 Pymol教程与实例 12 合用的教程分类 12 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 12 label驴子笔记 12 显示氢键（活性中心） 14 用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 15 其他结构描述方法 15 Contact table 15 基本知识 15 用CCP4 NCONT 16 用CCP4 CONTACT/ACT 16 Interface 16 用PISA做结合分析 16 计算BSA的软件讨论 16 Ligplot 17 静电势DelPhi（有问题） 17 DelPhi v.5.1使用方法 17 Pymol打开DelPhi电势文件 18 Grasp2打开DelPhi电势文件 18 修结构方法搜集 19 修结构刚开始据说是要先修主链 19 修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. 19 修结构重在整体形象。 19 修结构新番总结 20 过度修正 20 认清身边有毒的朋友 21 高考阅卷得到的收获 23 附录 23 基本知识 23 RMSD(Root Mean Squared Deviation) 23 氨基酸分组方法和代表性颜色 23 Pymol pml文件实例 24 C10 IQ sort 24 图像处理 26 批量裁剪 26 4个大小相同的图片排成一个 26 未整理 26 某人总结的结构解析方法： 26 结构修正时遇到的问题和用到的小tips： 27 分子置换的步骤 28 COOT中添加小分子的方法 28 如何画出氢键 28 Pymol的笔记 软件安装与初始设置 安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。 .bat文件内容如下：（D:\Temp\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写） msiexec /i D:\Temp\pyt.msi 新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到C:\Users\YOU，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。 如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\Python27\Scripts\pymol.cmd。 Pml格式的右键菜单 后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。 windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下： 在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOTpml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为： C:\Windows\System32\NOTEPAD.EXE %1 软件使用难题与Bug 2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，label就不显示了。 单字母标记氨基酸残基Windows用户 windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：pymolrc, pymolrc.py or pymolrc.pym 从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安