GEO数据库简介详解.ppt

数据集组和表达谱的关系 在GEO DataSets中每个数据集组个体都各自确定一个实验，而在GEO Profiles中每个数据集组都对应多个表达谱个体。 GEO数据的数据检索——方法 从GEO数据库主页面右侧找到有哪些信誉好的足球投注网站栏，直接输入要查找信息的关键词或者检索词，如“mir29a”或者“GDS2225 AND fto”，就会有哪些信誉好的足球投注网站到相应的DataSets和Profiles。 从主页面右侧直接打开库浏览器，从中按照不同的“系列”、“平台”、“样本”、“物种”、“历史”来进行选择需要的数据类型。 直接从GEO数据库的ftp服务器下载。/geo/ GEO数据的数据检索——方法 直接从NCBI主页用Entrez进行检索。 GEO数据主要存放在GEO DataSets和GEO Profiles两个数据库内。 GEO数据的数据检索——关键词 GEO可和其他NCBI数据库一样用标准关键词的方法和基于文本布尔检索、基于序列检索、基于特有表达行为挖掘检索或结合这些参数来进行检索查询 例如：在GEO DataSets中可以用检索词“prostate cancer AND human[Organism] ”寻找有关人类前列腺癌微阵列实验数据集。 GEO数据的数据检索——关键词 例如：在GEO Profiles数据库中可以用检索词fto[Gene Symbol] AND （Smok*）有哪些信誉好的足球投注网站所有与吸烟相关并包含肥胖基因的相关实验的基因表达谱。 GEO数据的处理 以数据集组GDS402为例来介绍一下GEO数据库提供的一些数据挖掘分析工具。 数据分析工具1 基因表达谱图 数据分析工具2 数据分析工具3 数据分析工具3 数据分析工具4 GEO BLAST GEO2R工具 GEO2R?is an interactive web tool that allows users to compare two or more groups of Samples in a GEO Series in order to identify genes that are differentially expressed across experimental conditions. Results are presented as a table of genes ordered by significance. Unlike GEOs other?DataSet analysis tools, GEO2R does not rely on curated DataSets and interrogates the original Series Matrix data file directly. This allows a greater proportion of GEO data to be analyzed in a timely manner. GEO2R能利用开源软件R平台和bioconductor进行数据处理。 基因芯片数据分析软件 bioconductor 和R平台 MATLAB Bioinformatics?Toolbox 利用GEO2R比较同一系列中不同样本中的基因表达量差异 GEO2R程序在R平台上运行 利用GEO2R求对比组的各样本中基因表达值在样本中的分布状况。（包括箱线图和可供导出的数值） 通过输入实验平台的某个指针项目ID，可以直接检索到该指针对应的基因在不同样本中的表达谱图。 GEO (Gene Expression Omnibus）数据库简介 报告人：沈健 2014.3.8 近几年来，随着分子生物学技术的发展，微阵列芯片技术已成为生物学研究最重要的实验之一，尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供大量高通量数据资料。 基因芯片发展历程 （DNARNA印记杂交） （斑点印迹法） 基因芯片概述 基因芯片（DNA芯片）是通过微阵列技术，根据核酸杂交的原理，将大量探针分子固定于支持物上，然后与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。 基因芯片技术流程 基因芯片技术流程 基因芯片检测结果 什么是GEO数据库 随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用，产生了海量的数据，为基因研究提供大量高通量数据资料。迫切需要一个统一管理的公共数据库。 基因表达数据库 (Gene Expression Omnibus, GEO)隶属于美国国立卫生研究院的 NCBI。GEO是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。 网址：/geo/ GEO数据库的构成 1.用户提交的原始数据 2.GEO数据库整理后的数据 平台（Platform） 平台是描述一联串在特定实验中被检测或被定量分析的因素，同一个提交者、许多样本有关,是关于用于以高通