02数据库描述.ppt

OMIM检出结果 OMIM 基因图谱 角化过度症 相关疾病基因 Genome Map Viewer 6. EBI European Bioinformatics Institute (EU) http://www.ebi.ac.uk/ http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?+quickSearch /index.html 7. UCSC基因组浏览器 / Thank You * * * * * * * * * * * * * Swiss-Prot蛋白疏水特性图 蛋白质结构数据库 PDB Protein DataBank，美国Brookhaven国家实验室管理生物大分子三维空间结构原子坐标数据库 /pdb/ NCBI STRUCTURE MMDB （Molecular Modelling DataBase），包含了从PDB获取的实验确定的生物高聚物结构分子模型数据库 SCOP （Structural classification of proteins） 英国医学研究会（MRC）剑桥分子生物学实验室开发的蛋白质结构分类数据库。包含描述蛋白质域的家族、超家族、折叠、等级等信息。http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 基因组数据库图谱和显示器 主要内容：有基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群图、放射杂交图等） 分布：由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的信息中心、研究机构。代表性的有： 美国人类基因组数据库GDB 美国NCBI基因组数据库Genome 英国人类基因图谱数据库 HGMPGenomeWeb http://www.hgmp.mrc.ac.uk/genomeWeb/ 美国人类基因组资源整合体系/genome/guide/human/ 人类疾病与基因数据库 OMIM 孟德尔遗传信息数据库 CGAP： The Cancer Genome Anatomy Project 肿瘤基因组图谱知识库 /ncicgap 美国国立癌症研究所为解剖肿瘤细胞分子而建立。 生物信息分析工具 BLAST 序列相似性对比 PRIMER 引物设计 蛋白质结构预测数据库 （EMBL）根据已知蛋白质序列，预测同族二级、三维等结构 蛋白质功能预测数据库 （EMBL ）根据已知蛋白质序列，预测蛋白质功能 我国生物信息相关网站 中国生物信息网 北京大学生物信息中心 中国生物技术信息网 / 中国科学院（上海文献中心） /tushug/ ? 三、 生物信息数据库检索 集成检索系统： Entrez系统（整合库）美国生物技术信息中心研制 SRS系统(Sequence Retrieval System)欧洲分子生物学实验室开发 http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?+srsq2+-noSession 可开放式安装100多个数据库，北京大学安装了78个数据库 1.Entrez:NCBI综合数据库 是1991年由美国生物信息技术中心 （National Center for Biotechnology Information,NCBI）研制. （） Entrez 用途 检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列 获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索 PubMed书目文献数据 Entrez生命科学有哪些信誉好的足球投注网站引擎 Entrez 跨库检索 检索字段限制 分子类型选择 基因位置限定 序列片段限定 数据更新 日期限定 功能栏 核酸序列检索 序列存取号 基因定义 数据库标识符 代码 物种来源 参考文献 特性 专业评论 碱基数 原序列复制后，可到BLAST中进行相似性 对本  2. BLAST序列相似性检索 Basic Local Alignment SearchTool 是核酸和蛋白质序列的局部对准相似性检索工具 3.NCBI structure 提供为研究蛋白质三维(3D) 结构集成的二个数据库: 分子模型数据库(MMDB),提供关于各种蛋白质的结构信息; 蛋白质域数据库(CDD),提供在proteins (CDs)内保存的功能领域序列和结构对准表达目录。 这两个数据库让科学家检索和观看结构,从结构上查找特定蛋白质的相似蛋白质，并且辨认功能位点。 Structure检索步骤 第一步： 在E