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materialsstudio学习整理知识点
1、castep是用平面波赝势展开波函数,dmol是通过原子轨道的线性组合来处理(castep用的是基于平面波赝势的方法,而dmol是基于分子轨道理论的方法)
castep算周期性结构的体系,DMol 适合于分子,团簇,分子筛,分子晶体,聚合物等开放结构。也就是说对空体积较大的晶体,原子轨道在稀填充体系(原子、分子、团簇、低维周期体系、沸石...)的计算上比平面波有优势。
CASTEP是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序,总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度函数。适用于范围很大的一类固体材料、界面以及表面的性质。基于总能量的平面波赝势理论,研究的内容包括:结构对称性、晶格参量、键长键角、能带结构、态密度、布局数、光学性能等。
CASTEP 模組允許你使用含有彈性的分子模型工具
CASTEP 主要是用於大尺度的週期性系統,他也可以被應用在以超晶格建力起來的缺陷表面介面與分子
CASTEP仅能在3D周期模型文件基础上进行计算,必须构建超单胞,以便研究分子体系
默认条件下,CASTEP使用得是BFGS几何优化方法,即拟牛顿算法
Castep的几何优化过程的本质是期望利用一个迭代过程来完成优化任务,在进行迭代的过程 中, 通过调整原子坐标和晶胞参数使结构的总能量最小化。CASTEP几何优化的核心是通过不断的减小计算力和应力的数量级,直至小于所规定的收敛误差。当 然,也可能给定外部应力张量来对拉应力,压应力和切应力等作用下的体系行为模型化。在这些情况下反复迭代内部应力张量直到与所施加的外部应力相等
Castep默认的能量单位是电子伏特ev,换算关系为1eV=0.036749308Ha=23.0605kcal/mole=96.4853kJ/m
2、Energy cutoff 截断能
SCF tolerance:迭代标准,就是每两部之间算完的标准( SCF:就是 自洽场self consistent field,解薛定谔方程时在开始并不知道波函数,从而也无法获得所需要的电子密度;因此可以先用一个解进行迭代运算,直到最后达到所需要的结果)
K point set: K点设置(布里渊区的点数选择,就像你选样本来看产品的合格率一样,选的多就会慢,但会更准确一些)
3、建模时加入杂质原子的方法:
方法一:用鼠标点上将要被取代得原子(点上后原子颜色将变成黄色),在窗口的右边属性栏中,将会显示这个原子的相关属性,并告诉你这个原子的元素种类(比方是Al 吧),然后点这个元素种类Al,将出现一个元素周期表,选择你要掺杂得原子,确定就可以了!
方法二:建立完没有掺杂的晶胞后,选supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子,而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了
4、(1)castep建立晶体的模型步骤:
build/build crystal,弹出对话框,然后按照晶格参数填入。这个时候要选择空间群(group这个选项),这里注意,在开始建立的时候要填入的是晶格参数,也就是a,b,c。然后添加原子,添加原子的时候要填入的是每个元素对应的坐标,也就是x,y,z,进行到这里,初步的结构就出来了。然后要点build/crystal/rebuildrystal;这样,图形就整洁了很多。按照教程所说,还要点build/symmetry/primitivecell
注意事项:已经知道其晶格参数(这点重要啊,开始不了解需要知道这个参数,走了一些弯路)。开始构建的时候犯了个错误,在add atom的时候没有注意弹出的对话框里有个Option 选项,里面有个坐标要选分数坐标。这里也要注意。
(2)采用DMOL3建模的基本步骤:
第一种情况:从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开MS,由fileimportstructuresmetals\pure-metalsFe导入Fe的晶胞。由build Surfaces cleave Surfaces打开对话框。在对话框中输入要建立的晶面(hkl),选择 position,其中depth 控制晶面层数。进入buildSupercell,输入A 、B 、C的值,得到想要的超晶胞。到该步骤,我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算,则应选择buildCrystalsbuild vaccum slab,其中真空层通常选择10 埃以上。如果建立团簇模型则选择buildSymmetryNon-periodicStructure,去掉模型的周期性,并跟据自己的实际需要删除部分原子,得到想要的团簇模型。在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。
第二
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