BLAST+技术文档.doc

BLAST+的分析流程 摘要 本文简单的介绍了一下序列比对工具BLAST+。这个工具主要分三个部分有哪些信誉好的足球投注网站，数据库，序列筛选。有多个应用，本文主要针对blastn和blastp还有makeblastdb常用功能进行简要介绍。因为BLAST+虽然机制是BLAST，但却是从头写的，可被C和C++直接调用，效率更高，性能更好。本文用了酵母细胞色素c基因作为query，酵母基因组数据库作为database，进行简要功能的测试，常用参数及结果文件的解释。个别program及参数的使用方式请参见-help。 目录? TOC \o 1-3 \h \u HYPERLINK \l _Toc9260 摘要 PAGEREF _Toc9260 1 HYPERLINK \l _Toc8123 目录? PAGEREF _Toc8123 1 HYPERLINK \l _Toc1479 1. 文档目的 PAGEREF _Toc1479 1 HYPERLINK \l _Toc18665 2. 适用范围? PAGEREF _Toc18665 2 HYPERLINK \l _Toc24931 3. 概述 PAGEREF _Toc24931 2 HYPERLINK \l _Toc27968 3.1BLAST简介 PAGEREF _Toc27968 2 HYPERLINK \l _Toc6396 3.2BLAST+ 应用 PAGEREF _Toc6396 2 HYPERLINK \l _Toc31298 4.?业务流程及细节? PAGEREF _Toc31298 3 HYPERLINK \l _Toc29105 4.1数据? PAGEREF _Toc29105 3 HYPERLINK \l _Toc8082 4.2使用的方法或解决办法? PAGEREF _Toc8082 4 HYPERLINK \l _Toc26516 4.2.1方法的简单介绍? PAGEREF _Toc26516 4 HYPERLINK \l _Toc12299 4.2.2方法的常见参数以及默认值 PAGEREF _Toc12299 5 HYPERLINK \l _Toc29921 4.2.3?备注 PAGEREF _Toc29921 9 HYPERLINK \l _Toc3228 4.3结果解释 PAGEREF _Toc3228 10 HYPERLINK \l _Toc4069 5. ?实例 PAGEREF _Toc4069 12 HYPERLINK \l _Toc28435 6.?参考内容?? PAGEREF _Toc28435 12 TOC \o 1-3 \h \z \u 文档目的 BLAST是 NCBI 基本局部比对工具，发现序列之间的局部相似性，这个程序将核酸或者蛋白序列与序列数据库进行比较，计算匹配的统计值。BLAST用于功能推断和序列间进化关系以及帮助鉴别基因家族成员。 HYPERLINK /tag/blast \o 查看 BLAST 中的全部文章 \t /s/_blank BLAST+与 HYPERLINK /tag/blast \o 查看 BLAST 中的全部文章 \t /s/_blank BLAST相比，有很多改进和提高， HYPERLINK /tag/ncbi \o 查看 NCBI 中的全部文章 \t /s/_blank NCBI强烈推荐放弃BLAST，使用BLAST+，本文主要学习和介绍BLAST+的用法。 适用范围? 本文主要讨论本地化的BLAST+: 适用系统：Windows，MacOSX，Linux/Unix。 输入的数据格式有很多种：以makeblastdb为例有，String, `asn1_bin, `asn1_txt, `blastdb, `fasta，具体程序输入文件类型可参照如：blasn -help的方式查看。 该软件适用系统：Windows, Mac OS X, Linux, and Solaris。 概述 3.1BLAST简介 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或 HYPERLINK /view/1603921.htm \t /view/_blank DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。 HYPERLINK /Class/BLAST/blast_course.short.html /Class/BLAST/blast_course.short.html