06 晶体结构的表达.ppt

第六章 晶体结构的表达 Table 7. Hydrogen bonds for 020908a [A and deg.]. _________________________________________________________ D-H...A d(D-H) d(H...A) d(D...A) (DHA) C(4)-H(2)...O(1)#1 0.95(3) 2.75(3) 3.453(5) 132(2) C(4)-H(2)...O(7)#2 0.95(3) 2.67(3) 3.444(6) 139(2) C(6)-H(4)...O(6)#3 0.97(3) 2.39(3) 3.116(5) 131(2) C(9)-H(5)...O(2)#4 0.84(3) 2.60(3) 3.233(5) 133(2) C(11)-H(7)...O(2)#5 1.02(3) 2.66(3) 3.425(5) 132(2) C(12)-H(8)...O(4)#6 0.97(3) 2.37(3) 3.122(5) 133(2) C(15)-H(9)...O(3)#7 0.89(3) 2.68(3) 3.296(5) 128(2) C(18)-H(12)...O(7)#1 0.91(3) 2.27(3) 3.062(5) 146(3) O(7)-H(14)...O(5)#8 0.887(10) 2.009(16) 2.862(4) 161(4) O(7)-H(13)...O(4) 0.888(10) 1.965(12) 2.844(4) 171(3) ________________________________________________________ Symmetry transformations used to generate equivalent atoms: #1 x,-y+1,z+1/2 #2 x,y,z+1 #3 -x+1,-y,-z+2 #4 -x+1/2,y-1/2,-z+3/2 #5 -x+1/2,-y+1/2,-z+2 #6 x,-y,z+1/2 #7 -x+1,y,-z+3/2 #8 x,-y,z-1/2 氢键 2. CIF文件 上世纪90年代初，为了方便晶体常数通过计算机和网络传输和存取，国际晶体学会建立了一套晶体学信息文件（crystallographic information file，简称cif）标准 *CIF格式简介： cif为ASCII码文件，只允许使用普通键盘上的字符 其它字符必须用特定的代码表示，每行要小于80字符 不需使用斜体、粗体、下划线等，如果需要，它能自动识别转换，如空间群等 指定单位的数据，不需加单位 WORD等文字处理软件的文件须存为纯文体文件 cif文件的术语： text string 数据串，由空格、引号或分号为起止符 data name 数据串名称，以下划线“_”开头 data item 数据项，不以“_”开头、紧接名称的数据串 data loop 数据环，若干数据名称，前冠以“loop _”, 后跟多行的数据表 data block 数据块，数据名称、项(也可为环)的集合 cif格式的性质： A. 在数据环中，名称及项的次序并不重要，块亦然 B. 每个数据名称必跟数据项，如没有应加“ ？” C. 在CIF中，可增加一些需要的数据，书写格式为： 由空格限定的数据串中间不能有空格。如： _diffrn_ambient_temperature 293 (2) _diffrn_radiation_wavelength 0.71073 _diffrn_radiation_type MoK\a 由单引号限定的数据串中可有空格，但不能超过一行 _computing_structure_solution SHELXS-97 (Sheldr