实习3芯片的基本数据处理和分析.ppt

浙江加州国际纳米技术研究院 分子诊断平台 zcnimdp@ * 浙江加州国际纳米技术研究院 分子诊断平台 zcnimdp@ * * * * * 不同实验类型 样本分组 ② ③ ④ * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ ⑤ * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ SAM结果：Expression Images * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ SAM结果：Centroid Graphs * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ SAM结果：Expression Graphs * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ SAM结果：Table Views * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ 课堂练习 使用MeV处理TDMS_format_sample.txt ，并查看结果文件； MEV程序位置：C:\zcni\shiyan3\MeV_4_3，双击TMEV.bat打开程序； 输入文件TDMS_format_sample.txt位于：C:\zcni\shiyan3\MeV_4_3\data\。 * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ GenMAPP一款将芯片数据和代谢途径结合起来的图形化显示工具 * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ Why Pathway Analysis? Intuitive to Biologists Provide a biological context for results More efficient than searching databases gene-by-gene Intuitive data display for sharing data Computation on Pathway Content Analyze over-representation of changed genes on pathways and ontologies Generate and compare pathway signatures between models * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ 下载地址： /download.asp； 双击安装文件安装GenMAPP； 打开GenMAPP程序，从菜单“Data→Download Data from GenMAPP.org”下载自己感兴趣物种的MAPP文件和Gene Database。 GenMAPP安装和更新 * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ GenMAPP基本概念 MAPP：描述了模式生物的代谢途径图。 目前MAPP数据库中包含了人(H.sapiens)、小鼠 (M.musculus)、大鼠 (R.norvegicus)、酵母 (S.cerevisiae)、 线虫 (C.elegans)、狗 (C.familiaris)、鸡 (G.gallus)、牛 (B.taurus)、果蝇 (D.melanogaster)和斑马鱼 (D.rerio)等模式生物。 * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ Supported Species Fruit fly Human Mouse Rat Worm Yeast Zebrafish Chicken? Dog Cow Mosquito By request: Any Ensembl species Databases by other groups: Fission yeast E. coli Soon: Arabidopsis * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ 心肌炎患者数据------脂肪酸降解途径 * 浙江加州国际纳米技术研究院分子诊断平台 zcni_mdp@ GenMAPP基本概念 Gene database：包含了上述物种所含基因的注释及其基因标识号（ID）。 对于每个基因，Gene Database会建立它在各个gene ID system中的对应关系。比如，Trp53基因在MGI（小鼠基因组数据库）中的标识号为MGI:98834，而