基因定位与克隆_培训课件.ppt

我们的研究思路 孤独症样本 染色体研究 CNV分析 大规模GWAS Candidate Genes 患者M8560染色体3的CNV,影响CNTN4基因 Please visit our website for more information. * * Polymorphism 多态性 的概念 * * * * * 2004年定位与克隆角膜环状皮样瘤基因　　　　　　　　 　　　 　 角膜环状皮样瘤是一种先天性角膜良性肿瘤，呈常染色体显性遗传，以双侧眼球角膜缘处环形淡黄色肿块为特征，可延伸到结膜，患者可出现视力的改变如弱视、斜视和散光。 皮样瘤由外胚层包括角化的上皮、毛发、皮脂腺和中胚层包括纤维组织、脂肪组织、血管组成 角膜环状皮样瘤家系图 基因组扫描的流程 DNA抽提 利用STR引物多重 PCR Genotype 基因分型 Linkage 连锁分析 侯选基因，突变检测 定位基因 多重PCR 使用PE公司一套覆盖基因组22条常染色体、高杂合度的微卫星位点引物，一共382对。 采用Touchdown程序结合多重PCR反应方法，将5～12种不同引物混合,放入同一管中进行扩增，总反应体积5μl 以上结果说明这个单体型在该家系中与疾病共分离，而这些重组事件的发生则将角膜环状皮样瘤疾病基因定位于4q24-26的D4S1572和D4S1522之间15.2 cM范围内 侯选基因的筛选 首先进行UCSC数据库（April, 2003）查询D4S1572-D4S1522之间15.2cM的基因资料 ，结果显示在这个区间总计有65个known genes,52个Reference genes 进行候选基因筛选时，考虑到组织发生中皮样瘤为异位到角膜的正常组织，推测角膜环状皮样瘤致病基因可能与胚层的移行、细胞的发育和分化密切相关 侯选基因的筛选 通过筛选，选取其中3个能与组织细胞的发育分化和移行有关并在眼睛表达的基因： CXXC4 PITX2 TM4SF9 PITX2——是一个转录调控因子，与发育相关， 有重要的功能 神经性耳聋疾病基因GJB3的克隆 GJB3基因的计算机克隆 3’RACE 或者nested-PCR共获得cDNA 片段1059bp， 其中 ORF 813bp，编码的氨基酸 270aa个。该ORF与小 鼠Gjb3在813bp的一致性为83.4%，与大鼠Gjb3在813bp的 一致性为84.6%。推测的氨基酸与小鼠Gjb3在270aa 的一 致性为82.6%，与大鼠Gjb3在270aa的一致性为83%。 蛋白质的结构: 4个跨膜区 2个胞外区 3 个胞内区 1of 5 Human cx31 compare to other GJB protein GJB3(connexin 31) was mapped to 1p33-35 by FISH 定位在1p33--p35的疾病有常染色体显性遗传的感觉神经性耳聋（DFNA2）、CMT2A型的腓骨肌萎缩症、变异性红皮病和眼睑下垂。我们在中国遗传病家系收集数据库收集的神经性耳聋和腓骨肌萎缩症的病人中检测突变，在两个高频听力减退的浙江家系和湖南家系中分别发现错义和无义突 变的杂合子，并选择了非相关的150名个体进行检测，未检测到错义和无义突变。 同胞对连锁分析 2.血缘一致性（IBD）等位基因共享： 两个个体在一个STR标记位点显示出相同数目的重复次数，而且遗传自同一祖先 1.状态一致性（IBS）等位基因共享： 两个个体在一个STR标记位点显示出相同数目的重复次数 a b a c a c a c a c b c a c a a a b a a IBD IBS 2 1 0 1 0 0 如果两个血缘相关个体表型类似，那么与此性状相关的基因附近的遗传标记也应当类似，类似程度受多个因素的影响: 1.该位点对研究性状总的贡献多大 2.影响到该性状的未知基因与待检测遗传标记的遗传距离 关联研究 关联指两个或多个事件之间具有统计学依赖性 等位基因关联： 等位基因频率随疾病性状显著增高或降低 连锁不平衡： 紧密连锁而产生的等位基因关联 当特定标记等位基因与疾病易感基因距离很近，经过多代仍然共同传递，则人群中受累的无血缘关系的个体可能享有共同的等位基因。 关联研究常见类型 1.病例—对照研究： 收集一组患者以及一组匹配的对照，比较侯选位点等