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第四章 数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站 王红岩 序 言 序列两两比对的一个主要应用就是在数据库中基于相似性检索生物序列。这个过程包括提交查询序列和对查询序列与数据库中的每一序列进行两两比对。所以数据库相似性有哪些信誉好的足球投注网站就是一个大规模的序列两两比对。这种类型的有哪些信誉好的足球投注网站是一种最有效的用来推导新测定序列功能的方法。然而，第三章讲述的动态规划算法速度太慢因此大多数时候是不实用的。为了提高序列比较的计算速度需要特殊的有哪些信誉好的足球投注网站方法。这章将要介绍数据库有哪些信誉好的足球投注网站方法的理论和应用。 数据库有哪些信誉好的足球投注网站的独特要求 对序列数据库进行有哪些信誉好的足球投注网站的算法有独特的要求。第一个标准是敏感性，它是指找到尽可能多的相似序列的能力。 它是用正确识别属于同一家族的序列范围来度量的。这些正确识别的序列在数据库有哪些信誉好的足球投注网站中被认为是“真阳性“。第二个标准是选择性，也叫特异性，它是指排除不正确序列的能力。这些不正确的序列是在数据库有哪些信誉好的足球投注网站中被错误识别的无关序列，它们被称为”假阳性“。第三个标准就是速度，它是指从数据库有哪些信誉好的足球投注网站中得到结果所用的时间，这依赖于数据库的大小，有时速度可能是最重要的因素。 理想上，人们总是希望在数据库有哪些信誉好的足球投注网站中得到最大的敏感性，特异性和速度。然而，同时满足这三个要求在实际中是非常困难的。通常是提高了敏感性就降低了特异性。而降低特异性又可能会使结果包含许多假阳性。同样的，提高速度经常会付出敏感性和特异性下降的代价。我们经常需要在这三个标准之间作出折衷。 数据库有哪些信誉好的足球投注网站的独特要求 在数据库有哪些信誉好的足球投注网站和许多其它生物信息学领域中有两种基本类型的算法。一种是穷举法，它用一种严格的算法通过考察所有的数学组合来找一个特定问题的最佳的或者精确的解。动态规划算法是穷举法的一个例子，它在计算上是非常精确的。另一种是启发式方法，它是一种利用拇指规则（经验法则）来寻找经验上的或是近似最优结果的计算策略。本质上，这种类型的算法是一种根据一些标准缩小有哪些信誉好的足球投注网站空间的快捷方法。然而，这种快捷方法并不保证找到最佳或是最精确的结果。经常用它是因为要在不显著牺牲计算结果的正确性情况下和可以接受的时间内获得结果。 启发式数据库有哪些信誉好的足球投注网站 用动态规划算法，比如Smith-Waterman算法，有哪些信誉好的足球投注网站一个大型数据库尽管是精确可靠的，但是速度太慢以至于在计算机资源有限的时候是不切实际的。十年前做的一个估计显示，用当时的常规计算机系统以一个包含100个残基的查询序列有哪些信誉好的足球投注网站一个包含300000个残基的数据库需要2-3小时。因此有哪些信誉好的足球投注网站速度成为一个重要的问题。为了提高比较速度必须使用启发式方法。启发式算法之所以表现出更快的有哪些信誉好的足球投注网站速度是因为它只考察那些用动态规划算法计算过的有可能匹配的序列。 启发式数据库有哪些信誉好的足球投注网站 目前，主要有两种用于数据库有哪些信誉好的足球投注网站的算法：BLAST和FASTA。这些算法不保证能找到最理想的比对和真正同源的序列，但是比动态规划算法快50-100倍。提高速度是通过适度地牺牲有哪些信誉好的足球投注网站的敏感性和特异性实现的，而这种牺牲很容易被分子生物学工作者接受。两种算法都能通过识别相似序列片段来合理地预测序列的相似性。 启发式数据库有哪些信誉好的足球投注网站 BLAST和FASTA都是用基于单词的启发式方法来进行快速序列两两比对的算法。这是序列两两比对的第三种方法。它是通过寻找两条序列中显著的或是近似显著的相似连续字母来实现的。这些短的字符串叫做单词，它类似于点阵法中用到的窗口。一个基本的假设是两条相关序列中至少包含一个共同单词。在识别出匹配的单词后，用一个比较长的算法来从单词开始扩展相似区域。一但找到高得分的序列相似区域，就把这些高得分区域连接起来以得到一个全序列比对。 基本局部比对有哪些信誉好的足球投注网站工具（BLAST） BLAST程序是NCBI的Stephen Altschul于1990年发明的，它目前已经成为最流行的序列分析程序之一。 BLAST使用启式方发法比对查询序列和数据库中的所有序列。它的目标是找到相关序列间的高得分无空位片段。高于给定阈值的这种片段的存在说明序列相似不是随机的，它能帮助人们从数据库中不相关的序列中辨别相关的序列。 BLAST通过下面的过程来完成序列比对。第一步是根据查询序列建立一个单词列表。一般地，每一个单词对于蛋白质序列来说包含3个残基，对于DNA序列来说包含11个残基。这个列表包含从查询序列中提取的所有可能单词。这个步骤也叫有哪些信誉好的足球投注网站种子。第二步是有哪些信誉好的足球投注网站出现这些单词的数据库中的序列。这步是识别包含匹配单词的数据库序列。 基本局部比对有哪些信誉好的足球投注网站工具（BLAST） 第三步是用一个给定的得分矩阵给匹配的单词打分。如果一个单词的得分高于某个阈值就认为它是匹配的。第四步