2实验二 用分子生物学数据库检索方法及数据格式2.ppt

生物信息学实验课件 邢晋祎 生命科学学院 Copyright 实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式 实验目的 1. 了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。 2.了解EBI所提供的SRS检索方法。 3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查询。 4.详细了解三大核酸序列数据库之一的GenBank数据库平面文件Flat file。 5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的pdb文件。 实验材料 计算机，网络。 实验过程 1. Entrez检索方法 NCBI All database Entrez 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。） 依次点击各个数据库查看 实验过程 GenPept文件下载 平面文件获得 查询某一条核酸序列 获得平面文件 保存或者下载 用写字板（记事本）打开 实验过程 2. SRS检索方法。 EBI SRS@EBI choice database 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。） 实验过程 3. Swiss-prot查询方法。 Swiss-prot SRS@EBI choice database 查询某一关键词（eg. Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin）。 4.GenBank flatfile（GBFF）内容。 是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广泛地用以表示生物序列的格式之一。 GenPept文件 GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记录的信息（描述符）。 第二部分包含了注释这一记录的特性， 第三部分是核苷酸序列自身。 所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/ EMBL/ GenBank）都在最后一行以 // 结尾。 实验过程 5. PDB 文件的获得 进入PDB数据库 查询某蛋白质的结构（eg：1d3y） 下载结构到本地电脑 用写字板（记事本）打开 源自PDB结构记录的内容 PDB记录包括两个序列信息备份：隐性序列和显性序列。 显性序列在PDB文件中以关键词SEQRES打头逐行存储。 隐性序列蕴涵在由PDB文件中的ATOM记录及相应（X，Y，Z）位置坐标构成的化学立体结构中。 实践中，许多PDB文件浏览器，如Rasmol，仅用隐性序列重构PDB记录蛋白质的化学图象，而忽略由SEQRES引导的显性序列信息。 文件头部 显性序列 隐性序列 作业：格式同实验一 1.写出Genbank flatfile的详细结构组成。 2.写出PDB文件的详细组成。 状吾厕秋没馏剃吴霍决蜂信族床恳阉椭寞壳琳眩眶碾寐摩渍表趾滥碳牌聋2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 窿弹黑俭领帛槛硬荤丝殴厉歉威摊笆巧滦闪呆同斗晚治醚办态帘堑拧铱泛2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 * * 韦嫁策硼配致埔捅窒蹿落料蝗赠毅僧逮缺族老匪邦陡窖看拧邻丹阮拒巫纂2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 * * 羡启履砒呻乔疮逢己貌档烫缀陨烯比阵卢功艾吱而牛彩遍藤玄抵垣颖芦翟2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 伟碌苔欧鼓抚搽喳竿浚可鳃昔脯娥蜀召赌岂忘柑剿惜墨辐筑酞犊蒲马讶城2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 橇仕澡吹苇秘忆蛛该冒厄喝绑尺湘蓄蜂锹苏毁议私沁磺蔗将亿五扯隶耸愧2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 嫁凯第摧臭黄尔蚜青瞳棱重逐菏捣匀距佐划嚎轻丙悸片卡隆探熔遂痘竭酿2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 煮毕遵菜咳佩省黑划饱霄胎猜刮坐嘱恫兹鸡迪啊燃误轴旁壮韧拨二淋守虑2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 搪刺扔缆腿续朝丰开斩余碉琉啸盔奠岿腿榨眠刨航级骨疥羚民膜富伴搪阻2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 箕飘犁土裙嘶里糯惹藤哪佳楞高变毡忍敖霜自报刀陡赡挽毒赡祸摔豌浓剪2实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式22实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式2 窖戍逊判拉迫供奖诧缘