基础Pymol命令.docx

基础Pymol命令这里主要介绍一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux一样支持Tab键命令补全：Pymol log_open?log-file-name.pml如果你想终止记录，只需要键入：Pymol log_close好了，现在载入pdb文件（继续前用的pdb文件）：Pymol load 2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol load 2vlo.pdb, test下面说说如何来操作你新建的对象。首先：Pymol show?representationPymol hide?representation其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入：Pymol hide linesPymol show ribbon我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol label all, chains这个命令的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”A－E组成，第二个则由F－J组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j上面的东东还可以这样完成：Pymol select test, chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon, test上面的第一句命令的作用是选择“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以：Pymol hide everything, testPymol show cartoon, test这样你会得到：　说到这里就提到了Pymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：Pymol select?selection-name, selection-expression其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]组成，但是要避免使用：! @ # $ % ^ * ( ) [ ] { } \ | ~ ` ? /如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：Pymol delete?selection-namePymol delete?object-name下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings － Colors中找到：Pymol color?color-namePymol color?color-name, selection-expression比如我们可以：Pymol color red, ss hPymol color yellow, ss sPymol color green, ss l+其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和所以其他结构。这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol可以同时打开多个pdb文件：Pymol load?object-name-1.pdbPymol load?object-name-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol disable?object-name-1Pymol enable?object-name-1你也可以用disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。Pymol disable?selection-name使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是