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人类全基因组SNP分型芯片检测先天性智力低下患者1例 曹烁 程寅龙 叶萃德 染色体核型异常是儿童智力低下的最常见的病因，对智力低下的儿童进行核型分析，可以明确诊断患儿的染色体。传统的核型分析虽然是目前染色体异常检测的金标准，但亦有其局限性。随着人类基因组测序的完成以及分子遗传学研究方法的进步，对患者进行分子核型的检测已经成为临床遗传学的发展趋势，是对传统核型分析的有效补充，本研究拟采用核型分析以及人类全基因组SNP分型芯片检测1例先天性智力低下患儿。 1.对象和方法 1.1研究对象 患儿，女，1岁，生长发育迟缓，智力水平低下，眼距宽，鼻梁低平，眼裂小，眼外侧上斜，有内毗赘皮，外耳小，硬腭窄小，头围小于正常，骨龄落后于年龄；头发细软而较少；四肢短，关节过度弯曲，手指粗短，小指向内弯曲。 1.2 研究方法 1.2.1 外周血染色体核型分析 (1)接种 取肝素抗凝的外周血0.5ml无菌接种于1640培养基中。 (2)培养 将接种后的标本置于37。C中培养72小时。 (3)收获 将培养物进行低渗、预固定、固定、过夜、滴片、烤片。 (4)对染色体进行G显带处理。 (5)显微镜下进行核型分析 计数30个分裂相，分析5个分裂相。 (6)染色体辅助分析系统进行资料储存，打印报告。 1.2.2 人类全基因组SNP分型芯片检测 1.2.2.1 酚-氯仿的方法提取基因组DNA (1)取1ml左右外周血于EDTA抗凝管中。 (2)加入20ul蛋白酶K，置于60℃水浴中2h。 (3)加入酚：氯仿：异戊醇(25:25:1) 300μl:300μl:12μl，置于离心机中12000 r/min离心10min。 (4)将上清置于另一Eppendorf管中，然后加入2倍体积的无水乙醇，置于室温沉淀1min，12000r/min离心10min。 (5)弃上清，再加入1ml无水乙醇抽提一次，弃上清，控干Eppendorf管。 (6)加入100μl的TE缓冲液或蒸馏水溶解。 1.2.2.2测定DNA模板的浓度 (1)以移液枪吸取样品（1～2μl）滴加到检测平台上。 (2)放下取样臂。 (3)获可得样品参吸光度和浓度。 (4)用干净的吸水纸擦去上下检测平台上的样品。 (5)A260/280在1.6～2.0之间，说明DNA纯度合格，同时经测定DNA浓度。 1.2.2.3 SNP微阵列检测 采用Illumina HumanCytoSNP-12芯片对提取的DNA进行检测，实验分3天进行，流程如图1 (1)实验第1天：将标本置于96深孔板中，按照Illumina公司提供的infinium HD试剂扩增（扩增1000倍），处理实验标本，处理完毕后将96深孔板置于Illumina 杂交炉中，37℃保温扩增13h。（扩增区与扩增后区域应该严格分开，防止污染）。 (2)实验第2天：DNA片段化、沉淀、重悬、杂交（杂交时间12小时左右，不应超过24小时）。 (3)实验第3天：芯片洗脱、真空干燥、上机扫描、分析结果。 图1 Illumina HumanCytoSNP-12实验的流程图 结果 2.1 外周血染色体核型分析 对患儿进行染色体核型分析，核型为46,XX,-10,+?10，患儿10号染色体多出一条带，经分析无法确认其来源。核型图见图2 图2 患儿核型46,XX,-10,+?10 2.2 SNP微阵列检测 对患儿进行人类全基因组SNP分型芯片检测，发现10号染色体多出的这条带的来源为10q21.3-q23.31，一个23.7Mbp的重复片段，从而明确其来源。分子核型见图3 图3 分子核型46,XX,dup(10)( q21.3-q23.31,23.7Mbp),10号染色体异常部分 讨论 染色体异常是患儿先天性智力低下的主要病因，对先天性智低患儿进行染色体检测可以明确诊断，为患儿的预后评估提供可靠的依据。染色体的检测方法中G-显带的染色体核型分析技术是细胞遗传学诊断的金标准，亦是目前普遍采用的方法，其能够同时检测出染色体数目的异常及大片段结构的异常。其基本原理为人体外周血淋巴细胞从细胞分裂间期进入分裂中期，经秋水仙素处理后，使细胞分裂停止在有丝分裂的中期，用显微镜可以观察到染色体的数目和结构。这种方法的优点在于能直观地观察到染色体的结构与数目，对于大片段（10Mbp）的缺失与重复提供可靠的依据。但此种方法也有不足之处，主要是操作繁琐，需要手工操作，耗费大量的人力，而且培养周期长，染色体的观察需要由经验丰富的研究人员完成，对于某