MPI-2011-05-11_856004502.ppt

计算科学与工程中的并行编程技术Parallel Programming Technology in Computational Science and Engineering  都志辉 清华大学计算机系 Email ：duzh@ Phone:/~duzh 问题 用MPI-1的功能能否实现并行IO？ 并行文件I/O的分类 显式偏移的文件I/O 视口文件I/O 共享文件I/O 一些基本操作 并行文件打开 MPI_FILE_OPEN(comm, filename, amode, info, fh) 文件打开 组调用，amode必须都相同 fh是一个组句柄（与WIN类似） 与用C/Fortran打开文件不同 文件打开方式 文件关闭 MPI_FILE_CLOSE(fh) 注意：组调用 删除指定的文件 MPI_FILE_DELETE(filename, info) 文件大小 MPI_FILE_SET_SIZE(fh,size) 组调用，所有的size都相同 MPI_FILE_GET_SIZE(fh,size) 文件进程组与文件打开模式 MPI_FILE_GET_GROUP(fh,group) 返回句柄fh对应的进程组group MPI_FILE_GET_AMODE(fh, amode) 返回打开文件时指定的模式 具有显式偏移的文件操作 阻塞显式偏移并行文件读写 MPI_FILE_READ_AT(fh, offset, buf, count, datatype,status) 写文件 MPI_FILE_WRITE_AT(fh, offset, buf, count, datatype,status) 组调用阻塞显式偏移并行文件读写 MPI_FILE_READ_AT_ALL(fh, offset,buf, count,datatype,status) 组调用，所有进程都执行了一次MPI_FILE_READ_AT MPI_FILE_WRITE_AT_ALL(fh, offset,buf, count,datatype,status) 组调用，所有进程都执行了一次MPI_FILE_WRITE_AT 非阻塞显式偏移并行文件读写 MPI_FILE_IREAD_AT(fh, offset,buf, count, datatype, request) MPI_FILE_IWRITE_AT(fh, offset,buf, count, datatype, request) 同非阻塞通信的基本含义，调用返回并不意味着操作的完成 完成形式 MPI_WAIT MPI_TEST 与非阻塞通信的完成调用形式完全相同 非阻塞组调用显式偏移并行文件读写 具有显式的开始与结束形式 MPI_FILE_READ_AT_ALL_BEGIN(fh, offset, buf, count, datatype) 组调用读开始 MPI_FILE_READ_AT_ALL_END(fh, buf, status) 组调用读结束 写操作 MPI_FILE_WRITE_AT_ALL_BEGIN(fh, offset, buf, count, datatype) 组调用写开始 MPI_FILE_WRITE_AT_ALL_END(fh, buf, status) 组调用写结束 视口文件读写 特点：隐式文件指针 取文件的一部分形成视口，然后对该视口进行操作，每个进程把视口看作是整个文件 文件视口 起始偏移，基本类型，文件类型 文件类型是在基本类型的基础上形成的自定义数据类型 文件视口的定义 MPI_FILE_SET_VIEW(fh, disp,etype, filetype, datarep,info) 数据表示 native（效率最高，移植性最差） internal （效率一般，移植性一般） external32（效率最低，移植性最好） 文件视口的定义（续） 组调用 偏移的单位是字节 视口数据是连续的 文件句柄的含义转换 视口信息的获取 MPI_FILE_GET_VIEW(fh, disp,etype, filetype, datarep) 得到偏移，基本类型，文件类型以及数据表示等信息 当前视口指针偏移 MPI_FILE_GET_POSITION(fh, offset) 文件视口句柄，视口偏移 绝对偏移 MPI_FILE_GET_BYTE_OFFSET(fh, offset, disp) 给定相对偏移offset，给出绝对偏移disp 阻塞方式的视口读写 MPI_FILE_READ(fh, buf,count,datatype, status) 从视口当前位置读数据 MPI_FILE_WRITE(fh,