第六章核酸与蛋白质序列分析2.ppt

郑连友 E-mail:lianyouzh@ 一个基本的DNA序列分析方案 第六章、核酸和蛋白质序列分析 6、CpG岛分析 CpG岛，是指哺乳动物基因启动子及其附近大量的CpG位点(CpG表示指C、G以磷酸基连接)。 事实上基因组中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地组成CpG 岛, 位于结构基因启动子的核心序列和转录起始点。有实验证明超甲基化阻遏转录的进行。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 CpG岛工具用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardiner-Garden and Frommer (1987)描述的方法。用一个200bp的窗口移过序列，每次移一个碱基对，进行计算。 CpG岛定义为Y值大于0.6并且GC含量大于50%的200bp序列区域。只有符合以上标准，才输入结果。CpG岛经常在脊椎动物基因的5区域发现，因此，这个程序可用来在基因组序列中查找潜在的基因。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （1）WEBGENE的CpG分析 r.it/cgi-bin/wwwcpg.pl 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （2）、EBI的CpGPLOT http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/ 第六章、核酸和蛋白质序列分析 7、终止信号分析 r.it/~webgene/wwwHC polya.html 第六章、核酸和蛋白质序列分析 8、基因定位分析 * 吉林大学 药学院 基因工程教研室 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第六章、核酸和蛋白质序列分析 第一节、核酸序列分析 三、DNA序列分析基础 四、DNA序列分析方法 第六章、核酸和蛋白质序列分析 三、DNA序列分析基础 1、DNA序列分析内容 DNA序列分析 ——基因序列 ——基因表达调控信息 寻找基因牵涉到两个方面的工作 ： 识别与基因相关的特殊序列信息 预测基因的编码区域 结合两个方面的结果确定基因的位置和结构 基因表达调控信息隐藏在基因的上游区域，在组成上具有一定的特征，可以通过序列分析识别这些特征。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 2、DNA序列功能位点 在DNA序列中，除了基因之外，还包含许多其它信息，这些信息大部分与核酸的结构特征相关联，通常决定了DNA与蛋白质或者DNA与RNA的相互作用。 存放这些信息的DNA片段称为功能位点，如启动子（Promoter）、基因终止序列（Terminator sequence）、剪切位点（Splice site）等。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 功能位点（functional site） -与特定功能相关的位点，是生物分子序列上的一个功能单元，或者是生物分子序列上一个较短的片段。 功能位点又称为功能序列（functional sequence）、序列模式（motif）、信号（signal）等。 核酸序列中的功能位点包括转录因子结合位点、转录剪切位点、翻译起始位点等。 在蛋白质序列分析中，常使用序列模式这个名词，蛋白质的序列模式往往与蛋白质结构域或者作用部位有关。 第六章、核酸和蛋白质序列分析 DNA序列功能位点示意图 第六章、核酸和蛋白质序列分析 基因组序列中若干个相邻的功能位点组合形成功能区域（functional region）。 功能位点分析的任务 -发现功能位点特征 -识别功能位点 第六章、核酸和蛋白质序列分析 利用共有序列有哪些信誉好的足球投注网站功能位点 共有序列（consensus）又称一致性片段 共有序列是关于功能位点特征的描述，它描述了功能位点每个位置上核苷酸进化的保守性 例如: NTATN 利用共有序列进行功能位点分析牵涉到两个方面的问题， 如何构造共有序列 如何利用共有序列在给定的核酸序列上有哪些信誉好的足球投注网站寻找功能位点，并计算所找到的功能位点的可靠性 第六章、核酸和蛋白质序列分析 3、基因识别 基因识别是生物信息学领域里的一个重要研究内容 基因识别问题，在近几年受到广泛的重视 —当人类基因组研究进入一个系统测序阶段时，急需可靠自动的基因组序列翻译解释技术，以处理大量已测定的但未知功能或未经注释的DNA序列 第六章、核酸和蛋白质序列分析 （1）原核基因识别 特点：长开放阅读框；高基因；简单的基因结构；原核基因组中的GC 含量高 重点在于识别编码区域 第六章、核酸和蛋白质序列分析 非翻译区域（untranslated regions, UTR） —编码区域两端的DNA，有一部分被转录，但 是不被翻译，这一部分称为非翻译区域 5’UTR---基因上游区域的非翻译区域 3’UTR---基因下游区域的非翻译区域 第六章、核酸和蛋白质序列分析 对于任何给定的核酸序列（单链D