第二章 原核微生物 2.2课件.ppt

第二节 原核生物的分类 1.分类有以下三个目的: (1)为了研究工作，生产应用,便于查找。 (2)了解生物进化途径。 (3)了解各生物间的亲缘关系。 2.任务： 分类、鉴定、命名 3.定义： 现代分类学基本上有两派,一派强调形态特征,一派强调亲缘关系。 形态特征————表现型 亲缘关系————基因型 微生物分类的基本单位是“种”例如枯草芽孢杆菌的分类顺序如下: 界-原核生物界(procaryatae) 门--原壁菌门(Firmicutes) 纲---芽孢菌纲(Bacilla) 目----芽孢菌目(Bacillales) 科-----芽孢菌科(Bacillaceae) 属------芽孢杆菌属(Bacillus) 种--------枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis) 种的概念： 种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的模式种。 标准菌株是人们最先发现,并进行过描述具有典型特征的菌株。 新种： sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。 一个微生物新种的建立必须在IJSB(International Journal of systematic Bactiology)(国际系统细菌学杂志)上发表。然后被添加在《细菌名称批准目录》中。 新种的标准菌株要送交“世界菌种保藏联合会”(WFCC),并存入微生物资源中心( Microbiologycal Resources Center)简称(MIRCEN)。 2、命名法规及双名法： 关于原核微生物的命名, 国际上有一个“国际细菌命名法规”该法规有以下主要规定: 1.细菌名称发表的优先权为1980年1月1日。 2.新种的命名不应与已发表的真菌,藻类、原生动物同名。 3.种名要用拉丁文,用双名法表示,新种要有典型菌株,新属要有典型种,并要同时发表菌种的保藏号。 4.新种(属)要在“国际系统分类细菌学杂志”(IJSB)上发表。 5.菌名的更改要得到仲裁委员会同意,并发表在IJSB上才能有效。 2、原核生物的名法： 命名原则：由“属名+种名”构成； 属名：用希腊字或拉丁字或拉丁化了的其它文字组成。属名用来描述主要特征，如形状、构造或者科学家的名字； 种名：用拉丁文或拉丁化的文字或人名表示,种名用来描述色素,来源或科学家的名字。 学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人和鲜明定名年份 规定与常识： 属名应大写首字母、单数、可以组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写，倾斜。 例如:Bacillus thuringiensis Berliner 1915; 属名 种名 定名人 定名时间 三、原核生物的分类依据和方法 2、繁殖方式：二等分裂 3、生理生化特征：如对氧气的需要;营养;代谢产物及分泌物 （二）数值分类法 （二）数值分类法 (4)计算相似性 相似性在原核生物分类中,常用Sm(匹配系数)或Sj(相似系数)表示。二者的计算公式为： Ssm=(a+d)/(a+b+c+d) Sj=a/(a+c+b) 匹配系数公式常改为Ssm=(a+d)/(a+b+c+d)-nc a、表示两个OTU的性状编码皆为“1”的个数； b、表示一个OTU为“1”，另一个OTU为“0”的性状个数； c、表示一个OTU为“0”，另一个OTU为“1”的性状个数； d、表示两个OTU皆为“0”的性状个数。 计算匹配系数： （5）分类结果的表示，绘出树状图 （三）化学分类法 （四）遗传分类法 生物的三域学说 细菌的伯杰氏分类系统 细菌的伯杰氏分分类系统 《伯杰氏细菌鉴定手册(第九版)》将原核微生物分为35群，归纳为四大类(或四个门)： 第一类，具细胞壁的革兰氏阴性真细菌； 第二类，具细胞壁的革兰氏阳性真细菌； 第三类，无细胞壁的真细菌； 第四类，古细菌。 伯杰氏系统细菌学手册第二版对原核微生物的分类 （该系统将原核生物分为2域（或界）25