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读书报告 穆广亚 2016年07月30日 丁涛 ： 毕业于中国科技大学，留美取得俄克拉何马州立大学生物博士，并担任过密西根大学博士后研究，目前在纽约大学进行博士后研究的丁涛，致力于微生物研究多年。 DNA测序发展过程 0th-Generation（第零代，1975-1985） 手工Sangger测序法 1st-Generation（第一代，1986-2006） 自动化荧光标记链终止测序法 2nd-Generation（第二代，2006-Present） DNA链合测序法 3rd-Generation（第三代，in 2-5years） 实时单分子合成测序法 4th-Generation （第四代， In 5-10years？） 直接测序法 植物内生菌 定义：内生菌(Endophyte)概念是在1866年首先由Bary提出的,是指那些在其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的组织或器官内部的微生物(主要为真菌和细菌)。 直到20世纪30年代，由于牲畜食用了有内生真菌感染的牧草，给畜牧业造成重大损失，人们才开始对植物内生菌有了初步认识。 北京大学邱德有等和中国科学院植物研究所朱至清联合进行的先驱性研究，从云南红豆杉中分离得到能够合成抗癌药物紫杉醇的内生真菌，以及后来南京大学邹文欣等的创新性研究等起到了明显的范式化作用。 George C. Carroll 等的关于松科(Pinaceae)针叶树花旗松(Douglas fir；Pseudotsuga menziesii (Mirbel) Franco)内生真菌研究向人们展示了林木茎叶内其实含有很多的微生物，它们种类繁多，生物量多变，除了植物种类以外，还受季节、地点、降雨量、海拔等因素影响。 内生菌的分类：内生菌可以根据其存在位置的不同分为根内生菌和叶内生菌。 目前关于内生菌的研究，更多的是研究根际内生菌，对于叶内生菌的研究相对较少。 取样（5种植物）叶片 Ambrosia psilostachaya DC.（多年生豚草）、Asclepias viridis Walt.(马利藻华)、Panicum virgatum L.（柳枝稷）、Sorghastrum nutans (L.) Nash、 Ruellia humilis Nutt. 收集时间5、6、7、8月 设置了4个不同的采样点 共收集81个样本 微生物LEfSe原理 T-RFLP Terminal restriction fragment length patterns T-RFLP在微生物群落结构研究中的重要性 传统调查一直是建立在分离和培养的基础上。这种方法不但费时费力，而且不够准确。这反映在如下几个方而: 1) 微生物群落组成极度复杂，采用传统方法工作量巨大。 2) 反应结果的阳性阴性有时不好判断，容易产生偏差，导致鉴定错误。 3) 培养的方法对菌有选择性。 4) 环境中的绝大多数微生物是不可培养的。 OTU(operational taxonomic units) 是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。通常按照 97% 的相似性阈值将序列划分为不同的 OTU，每一个 OTU 通常被视为一个微生物物种。相似性小于97%就可以认为属于不同的种，相似性小于93%-95%，可以认为属于不同的属。样品中的微生物多样性和不同微生物的丰富度都是基于对OTU的分析。 门水平不同的寄主植物内生细菌主要类群的相对丰度(A);在不同寄主植物物种占主导地位的内生菌属的相对丰度 (B) 不同的取样月份 (C). 叶的核心内生菌群落 共335 OTUs，共55个样，二次抽样数据处理之后发现，没有哪一种OUT同时存在于这55个样中，但是有4 OTUs同时存在于33个样中（总样本60%），最低相对丰度为1%。 * * 华裔科学家丁涛与密西根大学医学院微生物和免疫学副教授史洛斯，2014年 Nature，发表“人类微生物组研究”，这项报告指出，人体内的健康微生物组(Microbiome)，受到生活经历、菌群与环境、饮食和服用药物等方面的互相影响，并没有单一标准，而研究也发现改变肠道，非常有可能通过改变口腔细菌来完成。 背景前言 01 材料方法 02 结果分析 03 CONTENTS 01 PART 背景前言 Click here to add your title 测序技术 1、测序技术简介 2、高通量测序 3、454测序技术 内生菌研究 1、定义 2、研究现状 读长太短 通量高 25 x 30 HeliScope Helicos 读长太短 通量高；试剂消耗少 25 x 35 5500xl SOLiD ABI/SOLiD 价格贵；后期分析复杂 通量非常