生物信息数据处理上机实验指导.doc

《生物信息数据处理》上机实验指导 适用专业：生物技术与制药类 编写：解增言 生物信息学院 2015年3月 课程说明 一、课程名称：生物信息数据处理 二、总课时数：64 学时（理论48学时，实验16学时） 三、先修课程：计算机基础 四、课程教材： 理论部分：孟庆昌. Linux教程（第3版）. 北京：电子工业出版社，2011 实验部分：解增言. 生物信息数据处理上机实验指导. 2014 五、上机实验要求： 本课程的上机实验要求： （1）掌握Linux系统的基本操作和VI编辑器的使用； （2）了解Linux环境下Perl语言的编写，C语言的编写、编译及运行方法； （3）掌握Shell编程的基本语法； （4）掌握命令历史、环境变量、管道、重定向的概念及使用方法； （5）能较熟练地运用Linux命令和Shell脚本程序处理生物数据。 六、考核方式： 平时成绩（考勤、平时表现等）：50% 实验报告：50% 目录 实验1：Linux常用命令练习（1） 3 实验2：Linux常用命令练习（2） 11 实验3：vi编辑器练习 16 实验4：Shell程序设计基础（1） 22 实验5：Shell程序设计基础（2） 26 实验6：Shell程序设计基础（3） 29 实验7：Shell程序开发（1）：gff文件处理程序 37 实验8：Shell程序开发（2）：pubmed文献批量下载程序 39 实验1：Linux常用命令练习（1） 一、实验目的 1. 掌握Linux登录、退出方法； 2. 掌握常用Linux文件操作和目录操作命令； 二、实验环境 1. 操作系统：客户端Windows，服务器端Linux 2. 主要软件：putty 三、实验原理 1. 文件内容查看 （1）cat [功能] 显示文件内容 [命令格式] cat [option] [file] [常用选项] [其它用法] 新建文件：$cat EOF file 合并文件：$cat file1 file2 file3 管道用法：$cat file |sort （2）zcat [功能] 显示压缩文件内容 [命令格式] zcat [option] [file] [常用选项] （3）head [功能] 显示文件头部内容 [命令格式] head [option] [file] [常用选项] -n number或-number：显示前number行 （4）tail [功能] 显示文件尾部内容 [命令格式] tail [option] [file] [常用选项] -n number或-number：显示最后number行 （5）more [功能] 分页显示文件内容 [命令格式] more [option] [file] [常用选项] （6）less [功能] 分页显示文件内容（功能比more强大） [命令格式] less [option] [file] [使用技巧] ①有哪些信誉好的足球投注网站 当使用命令 less file-name 打开一个文件后，可以使用下面的方式在文件中有哪些信誉好的足球投注网站。有哪些信誉好的足球投注网站时整个文本中匹配的部分会被高亮显示。? 向前有哪些信誉好的足球投注网站 / - 使用一个模式进行有哪些信誉好的足球投注网站，并定位到下一个匹配的文本 n - 向前查找下一个匹配的文本 N - 向后查找前一个匹配的文本? 向后有哪些信誉好的足球投注网站 ? - 使用模式进行有哪些信誉好的足球投注网站，并定位到前一个匹配的文本 n - 向后查找下一个匹配的文本 N - 向前查找前一个匹配的文本? ②全屏导航 ctrl + F - 向前移动一屏 ctrl + B - 向后移动一屏 ctrl + D - 向前移动半屏 ctrl + U - 向后移动半屏? ③单行导航 j - 向前移动一行 k - 向后移动一行? ④其它导航 G - 移动到最后一行 g - 移动到第一行 q / ZZ - 退出 less 命令 ⑤其它有用的命令 v - 使用配置的编辑器编辑当前文件 h - 显示 less 的帮助文档 pattern - 仅显示匹配模式的行，而不是整个文件 2. 文件操作 （1）cp [功能] 复制文件或目录 [命令格式] cp [option] source_file target_file [常用选项] -r：复制目录 -f：如果目标文件已存在，不提示直接覆盖 -i：覆盖之前提示 （2）mv [功能] 移动或重命名文件或目录 [命令格式] mv [option] source_file target_file [常用选项] -f：如果目标文件已存在，不提示直接覆盖 -i：覆盖之前提示 （3）rm [功能] 删除文件或目录 [命令格式] rm [option] file rm –r directory [常