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MEGA软件的使用
Mega软件输入数据的格式
Mega软件输入数据的格式比较简单,在众多遗传学分析软件中是比较容易制作的一种。
首先,如果输入数据是一般的DNA或RNA序列,则有如下要求:1)文件扩展名以*.meg或*.txt结尾都行;2)输入数据文件,第一行必须有Mega程序所需的特殊标记“#MEGA”;3)“TITLE”位于输入文件的第二行,后边可以跟上一些说明性字符,这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上的字符才有效,而且字符总数不能超过128,超过的也会被忽略。4)在“#MEGA”和“TITLE”之后,在分析数据之前可以一行或多行的说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目的等信息。5)在每个数据(或每条序列)的名字之前应该有一个“#”,名字的下一行是具体的序列。在同一个数据文件里,不能出现数据名相同的序列。在数据名及具体序列中,空格和TAB是被忽略的。6)在同一数据文件内,所有序列的长度应该保持一致,否则,程序不能执行。 7)对于DNA或RNA序列,Mega软件能够识别A、T、C、G、U五种字符,缺失字符可以用“?”表示,比对时的空缺位点可以用“—”表示。下边是一个数据文件示例:
Fig
其次,如果输入数据是遗传距离矩阵,则要求如下:1)前4点要求同对上述DNA序列的要求相同;2)在每个距离矩阵的名字之前应该有一个“#”,每个名字占一行;先列出距离矩阵的名字,然后再给出距离矩阵;3)距离矩阵有两种形式,下三角和上三角。下边是一个数据文件示例:
Fig
下图是距离矩阵的示意图,左边是下三角矩阵,右边是上三角矩阵。
Fig
再次,如果数据是测序图谱的形式,直接导入即可。下图是测序图谱示例:
Fig
MEGA界面及操作
Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件,其界面十分友好,即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑
Mega软件能够接受多种数据格式,如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先,打开Mega程序,有如下图所示的操作界面:
Fig
单击工具栏中的“File”按钮,会出现如下图所示的菜单:
Fig
从上图可以看出,下拉菜单有“Open Data”(打开数据)、“Reopen Data”(打开曾经打开的数据,一般会保留新近打开的几个数据)、“Close Data”(关闭数据)、“Export Data”(导出数据)、“Conver To MEGA Format”(将数据转化为MEGA格式)、“Text Editor”(数据文本编辑)、“Printer Setup”(启动打印)、“Exit”(退出MEGA程序)。单击“Open Data”选项,会弹出如下菜单:
Fig
浏览文件,选择要分析的数据打开,单击“打开”按钮,会弹出如下操作界面:
Fig
此程序操作界面,提供了三种选择数据选择:Nucleotide Sequences(核苷酸序列)、Protein Sequences(蛋白质序列)、Pairwise Distance(遗传距离矩阵)。根据输入数据的类型,选择一种,点击“OK”即可。如果选择“Pairwise Distance”,则操作界面有所不同;如下图所示:
Fig
根据遗传距离矩阵的类型,如果是下三角矩阵,选择“Lower Left Matrix”即可;如果是上三角矩阵,选择“Upper Right Matrix”即可。点击“OK”按钮,即可导入数据。如果是核苷酸数据,则读完之后,会弹出如下对话框:
Fig
如上图,如果是编码蛋白质的核苷酸序列,则选择“Yes”按钮;如果是不编码蛋白质的核苷酸序列,则点击“No”按钮。之后,会弹出如下操作窗口:
Fig
此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”,在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等,然后是一些数据处理方式的快捷按钮,在操作界面的左下方是每个序列的名称。显示序列占了操作界面的绝大部分,与第一个序列相同的核苷酸用“.”表示,发生变异的序列则直接显示。
如果在弹出的对话框中,点击“OK”,即选择输入的数据是编码蛋白质的DNA序列。那么会再弹出如下对话框:
Fig
此操作界面提供了多种生物的遗传密码方式的选择,如Vertebrate Mitochondrial(脊椎动物线粒体)、Invertebrate Mitochondrial(非脊椎动物线粒体)、Yeast Mitochondrial(酵母线粒体)等等。
点击此操作界面的“Add”按钮,可以添加密码子表格,其编辑界面如下图所示:
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