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SSHprotocol.
1 PolyA+ mRNA的分离纯化
PolyA+ mRNA的分离纯化采用OligotexTMm RNA试剂盒(Qiagen公司),首先确定总RNA的数量(OD260×40 μg/mL×稀释倍数×v)在250~500 μg之间,加无RNase的水至总体积为500 μL,然后再加入500 μL的Bufer OBB和30 μL的Oligotex悬液,通过吹打或轻弹使其充分混合。在基因扩增仪上,70℃温浴样品3 min,(此时洗脱缓冲液OEB可一起预热)然后从水浴中将样品取出,室温(20--30℃)放置10 m in。最大转速(140 00g )离心2m in,使Oligotex:mR NA的复合物沉淀,然后仔细的除去上清液。保存上清液直到得到满意的结果。用400 μL的洗涤缓冲液OW2通过涡旋振荡或吹打重悬Oligotex:mRNA沉淀,将重悬的样品加入到Small spin column(置于1.5 mL的离心管上)中,140 00g 离心1m in,然后将small spin column转移到一新的1.5 mL的无RNase的微量离心管中,再加入400 μL的洗涤缓冲液OW2于small spin cloumn,混匀,140 00g 离心1m in。转移small spin column到一新的无RNase的1.5 mL的微量离心管中;取15 μL洗脱缓冲液OEB重悬Oligotex,14 0 00g 离心1m in。将甩下的洗脱缓冲液OEB再重悬Oligotex,最高速离心,然后将甩下的洗脱缓冲液OEB转移至0.5 mL的离心管(无RNase )中,体积约10 μL左右。重复洗脱三次,共计回收4管mRNA,最后几管测吸光值,看是否洗脱干净。
测OD 值 ,取1 μL 样品,加99 μL无RNase的水稀释,将样品从稀到浓进行OD260和OD280的测定,计算出mRNA的量(mRNA的含量1 μg/μL). mRNA在洗脱液中可以贮存在-20 ℃或-70 ℃。1 抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization, SSH )
采用 Clontech公司的Clontech PCR-SelectTM cDNA消减试剂盒进行抑制消减杂交,以 的mRNA (2 μg)为实验方(Tester), 的mRNA (2 μg )为驱动方(driver),同时进行反向消减杂交。
一、cDNA第一链的合成
按消减试剂盒进行逆转录反应。
①对每一实验方、驱动方和对照polyA+ RNA(加2 μL the skeletal muscle control poly A+ RNA),在无菌(无RNase)的0.5 mL微量离心管中(不要用聚苯乙烯管)加入下列试剂:a、polyA+ RNA(2 μg)2~4 μL b、cDNA合成引物(10 μM)1μL c、无RNase 水 x μL 总 体积5μL 混匀后在台式离心机上短暂离心。
②在基因扩增仪(thermal cycler)上70℃ 温浴2min
③立即在冰上冷却2 min,进行短暂离心
④然后向离心管中加入下列试剂:5×First-Strand Buffer 2μL dNTP Mix (10 mM each) 1μL 无RNase水1μL AMV反转录酶(20 units/μL)1μL 总体积 5μL ⑤涡旋混匀后短暂离心
⑥充分混匀后培养箱42℃温浴1.5 h(注意:不要用水浴或基因扩增仪)
⑦最后将离心管放在冰上终止cDNA第一链的合成,随后立即进行第二链的合成。
二、cDNA第二链的合成
1、将下列试剂按顺序加入合成第一链的离心管中
RNase 48.4 μL
5×Second-Strand Buffer 16.0 μL
dNTP mix (10 mM each) 1.6 μL
20 ×Second-strand enzyme cocktail 4.0 μL
总体积 70 μL
2、加入上述试剂后将其充分混匀并稍微离心,最终体积为80 μL。
3、然后置于16 ℃基因扩增仪上或水浴中温浴反应2h。
4、反应结束后向管内加入2 μL (6 units)的T4DNA聚合酶,充分混匀。
5、16 ℃温浴(水浴或基因扩增仪)30 min。
6、然后加入4 μL的20×EDTA/Glycogen混合物以终止第二链的合成。
7、向离心管中加入100 μL的酚:氯仿:异戊
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