PDB数据库简介（参考）.ppt

PDB数据库简介 生物数据库的种类 生物数据库的种类 序列数据库 核酸序列数据库 (EMBL、GenBank、DDBJ) 常用蛋白质序列数据库(Swissprot,PIR) 结构数据库 蛋白质结构数据库( PDB ) 蛋白质分类数据库(SCOP、CATH ) 其它数据库 Protein Data Bank 蛋白质结构数据库  /pdb/home/home.do 一、基本概况 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库,PDB蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Date Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织 (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB) 负责。 1、数据 来源 主要通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 信息 原子的空间坐标、引用文献、形成α-helix和β-sheet的氨基酸序列、双硫键连结模式、与蛋白质结合的ligand、参与生化功能的residue等。  2、数据结构 3、数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成，如1LDM。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。 二、简单使用 PDB数据库文件 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 PDB数据库的详细字段说明 三、结构模型显示 生物大分子三维立体结构显示的软件：PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等 通过这些软件可以对此三维结构进行查看、编辑，进一步应用于研究。 * * 结构记录 名称、参考文献、 序列、一级结构、 二级结构和原子坐 标等信息。 显式序列 信息 隐式序列 信息 以关键字SEQRES 作为显式序列标 记，以该关键字 打头的每一行都 是关于序列的信 息。 即为立体化学 数据，包括每 个原子的名称 和原子的三维 坐标。 是pdb文件在数据库中的编号, 从PDB数据库下载结构常会得 到一个以这个编号命名的 pdb文件，如1LDM.pdb 有哪些信誉好的足球投注网站栏 高级有哪些信誉好的足球投注网站 有哪些信誉好的足球投注网站到408条结果 精化有哪些信誉好的足球投注网站结果 检索CDK2 相关介绍 下载氨基酸序列及 二级结构的信息 分辨率不同 配体不同 包括分子类别、发布日期，PDB-ID 关键字列表 测定结构所用的试验方法 以关键字SEQRES打头 306个氨基酸的显式序列信息 X轴坐标 Y轴坐标 Z轴坐标 原子 氨基酸 HEADER 分子类，公布日期，ID号 OBSLTE 注明该ID号已改为新号 TITLE 说明试验方法类型 CAVEAT 可能的错误提示 COMPND 化合物分子组成 SOURCE 化合物来源 KEYWDS 关键词 EXPDTA 测定结构所用的实验方法 AUTHOR 结构测定者 REVDAT 修订日期及相关内容 SPRSDE 已撤销或更改的相关记录 JRNL 发表坐标集的文献 REMARK 1 有关文献 REMARK 2 最大分辨率 REMARK 3 用到的程序和统计方法 REMARK 4 其他注解 DBREF 其他序列库的有关记录 SEQADV PDB与其它记录的出入 MODEL 多亚基时显示亚基号 ATOM 标准基团的原子坐标 SIGATM 标准差 ANISOU 温度因子 SIGUIJ 各种温度因素导致的标准差 TER 链末端 HETATM 非标准基团原子坐标 ENDMDL 亚基结束 CONECT 原子间的连通性有关记录 MASTER 版权拥有者 END 文件结束 详细信息 三维结构 α-螺旋  β-折叠 配体小分子 *