分子模型的创建.ppt

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2017-01-06 发布于江苏
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分子模型的创建

Gaussian Z-matrix c c 1 cc2 h 1 hc3 2 hcc3 h 1 hc3 2 hcc3 3 180.000 h 2 hc3 1 hcc3 3 0.000 h 2 hc3 1 hcc3 3 -180.00 cc2 1.400000 hc3 1.089000 hcc3 120.000 Gamess z-matrix zmat angstroms c c 1 cc2 h 1 hc3 2 hcc3 h 1 hc3 2 hcc3 3 180.000 h 2 hc3 1 hcc3 3 0.000 h 2 hc3 1 hcc3 3 -180.00 variables cc2 1.400000 hc3 1.089000 hcc3 120.000 constants end Mopac Z-matrix SYMMETRY C 0.000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 C 1.400000 1 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 H 1.089000 1 120.000000 1 0.000000 0 1 2 0 H 1.089000 0 120.000000 0 180.000000 0 1 2 3 H 1.089000 0 120.000000 0 0.000000 0 2 1 3 H 1.089000 0 120.000000 0 -180.000000 0 2 1 3 3,1, 4 3,2, 4 3,1, 5 3,2, 5 3,1, 6 3,2, 6 ADF Z-matrix atoms z-matrix c c 1 cc2 h 1 2 hc3 hcc3 h 1 2 3 hc3 hcc3 180.000 h 2 1 3 hc3 hcc3 0.000 h 2 1 3 hc3 hcc3 -180.00 cc2 1.400000 hc3 1.089000 hcc3 120.000 end USING GHOST ATOMS #P B3LYP/6-31G* GFINPUT IOP(6/7=3) TEST Example of NBO bond orders 0 1 C 0.000000 0.665676 0.000000 H 0.919278 1.237739 0.000000 H -0.919239 1.237787 0.000000 C 0.000000 -0.665676 0.000000 H -0.919278 -1.237739 0.000000 H 0.919239 -1.237787 0.000000 Gh 0.700000 0.700000 0.000000 Total atomic charges: 1 1 C -0.286170 2 H 0.143082 3 H 0.143087 4 C -0.286170 5 H 0.143082 6 H 0.143087