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* * L81167.1序列 * microRNA-mRNA分析工具 TargetScan（/） RNA22 （ /rna22/ ） Lewis BP, Burge CB, Bartel DP. Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets. Cell, 120:15-20 (2005) Miranda, KC et al (2006) A pattern-based method for the identification of MicroRNA binding sites and their corresponding heteroduplexes. Cell, 126, 1203-1217, 10.1016/j.cell.2006.07.031 * * * Thanks for your attention * 主要的BLAST程序 程序名 查询序列 数据库 有哪些信誉好的足球投注网站方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列有哪些信誉好的足球投注网站逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一有哪些信誉好的足球投注网站。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 * * * * GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG * 数据库 简述 nr month dbest dbsts htgs yeast E.coli pdb kabat vector mito alu gss 非冗余的GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDB序列，除了EST、STS、GSS和0,1,2阶段的HTGS序列 nr中过去30天的必威体育精装版序列 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的EST部分 非冗余的Genbank＋EMBL＋DDBJ＋PDB的STS部分 0,1,2阶段的高产量基因组序列(3阶段完成的HTG序列在nr库里) 酵母的全基因组序列 大肠杆菌的全基因组序列 由三维结构库来的核酸序列 Kabat的免疫学相关序列库 Genbank的载体子集 线粒体核酸序列 REPBASE中Alu重复序列翻译而来，用来遮蔽查询序列中的重复片段，基因组勘测序列(Genome Survey Sequence) BLAST的核酸数据库 * GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG * 结果页面 * 结果页面 * 3 序列特征分析 基因序列特征分析主要内容 一、开放阅读框—ORF 二、启动子—promoters 三、 CpG岛— —CpG islands 四、microRNA-mRNA分析 * * * * * * * * * * * * * 1 GenBank * 2 Fasta nucleotide 3 Fasta protein * 启动子预测及分析工具 （参考教材） PromoterScan /molbio/proscan/ * * * 启动子原件 * 启动子原件 转录因子结合位点 * * 利用CpGPlot预测分析CpG岛 CpGPlot是预测CpG岛的在线工具，它是由欧洲分子生物学实验室EMBL —— European Molecular Biology Laboratory提供的。 其网址为：http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot/ * SPARCL1 promoter sequence * * * * Results * * * … … … … * … … … … * … … … … * CCL21 mRNA 序列 CCL21 mRNA登录号 CCL21 编码蛋白CCL21登录号 * … … … 基因序 列信息 基因相 关信息
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