植物基因组的RAPD案例.ppt

实验九 植物基因组的RAPD分析 一、实验目的 1、了解常用的分子标记； 2、掌握RAPD标记的分析方法。 二、实验原理 广义的分子标记（molecular marker）：可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白。包括蛋白质标记和DNA标记（狭义的分子标记）。 蛋白质标记包括动植物蛋白、同工酶及等位酶。 理想的分子标记： 1.高多态性 2.共显性遗传 3.能明确辨别等位基因 4.遍布整个基因组 5.无基因多效性 6.检测手段简单快速 7.成本低廉 8.重复性好 RPAD RAPD random amplified polymorphic DNA 1990年，由美国杜邦公司的科学家Williams推出。 原理：任意序列的8-10个碱基的寡核苷酸片段随机引物扩增; 引物结合区域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变导致PCR产物增加、缺少或发生分子量变化 。 RAPD 实验流程 DNA提取 PCR扩增 产物检测 数据记录 RAPD的特点 不需DNA 探针 简单快速,多态性高 少量DNA 样品, 成本较低 三、仪器与材料 材料：不同小麦DNA样品。 试剂： MgCl2、引物、10XBuffer、 dNTP 、Taq酶、琼脂糖凝胶，EB，溴酚兰等 。 器具：移液枪，枪头，离心管，电泳仪，电泳槽等。 （2）RAPD扩增程序 预变性：94oC 5min 变性： 94oC 30s 退火： 37oC 1min 30个循环 延伸： 72oC 1min 最后一个循环结束后在72oC延伸10min （3）PCR扩增产物用1.2％的琼脂糖凝胶电泳检测（溴化乙锭染色）。电泳结果在UV紫外凝胶系统上照相观测。结果利用DPS数据处理系统处理结果。 [实验注意事项]： 配制PCR反应体系过程中所用试剂的量一定要准确； 所有的配制操作都应该在冰盒上进行，尤其是Tag酶的使用，更应该小心。 [作业] ： 1、该PCR时应该注意的问题是什么？ 2、RAPD标记的优缺点？ * 0.2kb 0.5kb 0.3kb 0.2kb 0.5kb 0.3kb × 0.2kb 0.3kb 0.5kb 品系1 品系2 优 点 缺点 显性遗传 重复性不太高 在共迁移问题 四、实验程序 （1）配制RAPD反应体系 总体积：25μl 0.2 2.0 2.5 4 1.5 12.8 体积(μl) 5U/μl 25mM 20ng/μl 5μM 浓度 Taq酶 dNTP 10XBuffer（含 MgCl2 ） 模板 引物 H2O 物质 *