糖组学综述 王志来.doc

糖组学 14211030578 王志来 糖组及其复杂性与糖组学 1.1 糖组及其复杂性 根据基因组和蛋白质组的定义，糖组应该被定义为单一生物体中的整套聚糖系统。但是相比而言，糖组比基因组和蛋白质组复杂很多。倘若基因不发生突变，一个生物体的基因组也是不变的，而同一个基因却可产生多种相关但是又不同的。此外，相当多的蛋白质在表达后，又经受了一系列的后加工。相同的的基因组在不同的外界刺激条件后，可以产生不同的蛋白质组，做出相应的应答。因此，一个基因组对应的不是一个蛋白质组[1]。蛋白质→糖类可以认为是基因信息传递的延续。在蛋白质的肽链上，可以挂上糖链，成为糖蛋白，使蛋白质具有更多的特性和功能。同样结构的聚糖又可接到不同的载体上，形成不同的糖复合物：糖蛋白、蛋白聚糖和糖脂等。不同情况下，糖复合物的糖链结构则变化更多。在所有生物体中，基因是由4种核苷酸构成的，因此，所有生物的基因组可以用同样的方式表述。在不同生物体的蛋白质组，已是各不相同的，所幸的是，它们的结构还可以从基因组推断。而不同生物体中的糖组，则无法统一，更无法由基因组推测。例如，植物和微生物有细胞壁，而动物没有。植物和微生物的细胞壁分别由不同的糖类构成。细菌都有肽聚糖，但是，革兰氏阴性菌还有脂多糖，而革兰氏阳性菌则没有脂多糖。不同的真菌又因为表面的多糖组成的不同，而归属于不同的种属。植物合成各种各样的多糖，此外，它们的次生代谢产物中有许多是糖苷，它们的“糖组”更是纷繁复杂。基于以上两个原因，希望包罗万象地用一个“糖组”包括单一生物体中的整套聚糖，几乎是不可能的。所以，糖组的复杂性是不言而喻的。与此同时，和基因组不一样，不同生物糖组的可比性也极小。因此，对糖组的研究最合适的做法是将糖组分解为不同的小组，例如对高等动物的糖组可分为糖蛋白组、蛋白聚糖组和糖脂组。而且，与细菌和植物相比而言，高等动物的糖组还是比较简单的。平林淳和笠井献一的研究组迄今所着眼的是糖蛋白组，而且以线虫的基因组为基础[2]。 1.2 糖组学 受基因组和蛋白质组定义的影响，糖组被定义为单一生物体中全部聚糖的总称，糖组学则是研究糖组结构与功能的科学。糖组和糖组学是两个不同的概念，糖组是了解一个生物体在某种情况下所具有的全部聚糖种类，而糖组学是对聚糖与蛋白质问相互作用和功能的全面分析研究，包括糖组的结构鉴定、编码糖蛋白的基因和蛋白质糖基化的机制和功能等。糖分子多以糖蛋白或其它结合物形式存在于细胞的任何部位，糖与蛋白质问的相互作用能介导细胞问相互反应的基本过程，如细胞的增值、吸附、识别和免疫等功能[3]。糖组学研究是定义复杂生命系统和细胞体系必不可少的，如果在糖组概念下，能够阐明聚糖结构的差异与个体、发育、疾病等的关联性，就可以定义糖的功能和它们存在的目的．糖组学是继基因组学和蛋白组学后的新兴研究领域，它的研究结果直接关系到是否能够阐明基因功能及细胞功能[4]．这是因为：第一，所有的生命体都是由细胞组成，而其表面都被各种形式的聚糖所包被，帮助我们识别细胞类型和状态．但与蛋白质不同，单从基因组信息无法预测最终的聚糖结构，因此，迫切需要开发新的糖组学研究手段和思路以分析糖组结构和功能．第二，就像磷酸化一样，糖基化是所有真核蛋白质翻译后加工的一种形式，但蛋白质糖基化远较单一结构形式的磷酸化复杂得多，因此聚糖研究存在各种技术困难，蛋白质组学中的大多数方法不适用糖基化研究．第三，按医学观点聚糖研究非常实用，细胞表面聚糖是生物体所必需的，可以避免各种微生物对寄主细胞的感染． 糖组学研究中的方法 2.1糖捕捉法 作为新的亲和技术，糖捕捉法(glyco-catch)在糖组学研究中已被用于糖蛋白的系统分析，通过与蛋白质组数据库结合使用，这种方法能系统地鉴定可能的糖蛋白和糖基化位点，目前已成功用于Caenorhabditiselegans的糖组研究[5]．具体策略概括如下：(1)凝集素亲和层析一1(用于糖蛋白分离)：凝集素柱的分离效果与要分离糖蛋白的聚糖类型有关，因此不同组别糖蛋白的纯化步骤可以单独或串联使用不同的凝集素柱．(2)蛋白质消化：将分离得到的糖蛋白用Achromaobacter菌的蛋白酶I消化以生成糖肽，在消化前糖蛋白应先用8 mol／L尿素变性，然后在4 mol／L尿素存在下消化至少16 h，这种酶对赖氨酸有严格专一性，具有较好的裂解效率．(3)凝集素亲和层析-2(用于糖肽分离)：采用与步骤1相同的凝集素柱从消化液中扑集目的糖肽．(4)HPLC纯化糖肽：上述步骤得到的糖肽通常是混合物，应进一步用二维HPLC进行彻底分离纯化．(5)序列分析、质谱和解离常数测定．(6)数据库有哪些信誉好的足球投注网站和聚糖结构分析以获得相关遗传和糖基化信息．然后，使用不同的凝集素柱进行第二和第三次循环，捕集其它类型的糖肽，以对某个细胞进行较全面的糖组学研究．