[通过深焦磷酸测序揭示不同连作跨度香草土壤对微生物群落成员和结构的显著影响.docVIP

通过深焦磷酸测序揭示不同连作跨度香草土壤对微生物群落成员和结构的显著影响 摘要：在本研究中，通过16S核糖体深焦磷酸测序RNA（rRNA）基因内转录间隔区（ITS） 对香草连作时间域土壤细菌和真菌群落土壤真菌多样性指数随，而土壤细菌多样性的比较 稳定。拟杆菌门厚壁菌门与香草病情指数（DI）有显著负相关而对真菌无显著相关性。多年生植物通常生长缓慢和不稳定香草多年生草本藤蔓具有很高的经济价值，在热带和亚热带地区已广泛然而，由于长期单一种植，已香草种植国报道各类品种土传病原真菌 在香草种植区许多、分布广泛的疾病由尖孢镰刀菌引起的根腐病此外，连作农业真菌病原菌容易积累可培养细菌数量随时间下降而真菌数量增加。6S核糖体RNA（rRNA）和18S?rRNA基因建设和变性梯度凝胶电泳（DGGE）方法土壤微生物多样性和群落结构土壤真菌土壤细菌群落有针对性实验在这项研究中16S rRNA基因内转录（its5-its4）为细菌和真菌的条码 标记比较具有完全不同生产能力细菌和真菌群落组成和结构探索的微生物群落中国科学院热带饮料研究所平均温度和降水量分别24.5°C和2201毫米农艺管理，施肥制度土壤样品除香草植物和表面覆盖物每个时间15个点的样品随机混合（每个时间域三重复）土壤理化性质的测定 扩增是一个25μL of×10 2.5μL的反应μm， 2.5 mM dNTPs，40ng的模板，0.625单位的Takara探针。扩增步骤如下：16SV4-V5 rRNA基因在94°C变性4分钟，随后25次变性（94℃ 30 S），退火（55°C?45S），（72?1min），最后的在72°C??7分钟焦磷酸测序数据处理 进行细菌序列分析均聚物长度等于或大于8 bp 小于200 bp模棱两可的序列因为碎片的存在可能进行在所有样品门变形菌门（35.98%），酸杆菌门（26.28%），拟杆菌门（6.99%），厚壁菌门（3.06%），（2.04%），土壤放线菌（1.45%），与硝化螺旋菌（1.43%）（相对丰度（RA）?1%） 土壤细菌多样性的比较稳定