[FASTA程序.docVIP

FASTA文件 1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK 1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY 1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE 1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA 程序代码： #!/usr/bin/perl #Perl程序的标志。 open(INFILE, H:\bio\FastA.txt) or die die Cant open data.txt: $!; #打开文件以进行修改操作！这一行放置待提序列文件的路径 while(INFILE) #将读入的_整行_内容赋值给 $_. { if ($_=~/^/) #如果某行开头是“”，则进行下面的操作,在行首加上注释。 { printreference:; print $_,\n; } else{ $_=~s/A/Ala./g; #把氨基酸单字母改成三字母。用到替换的正则表达式。 $_=~s/G/Gly./g; $_=~s/S/Ser./g; $_=~s/V/Val./g; $_=~s/I/Ile./g; $_=~s/L/Leu./g; $_=~s/T/Thr./g; $_=~s/Y/Tyr./g; $_=~s/P/Pro./g; $_=~s/F/Phe./g; $_=~s/H/His./g; $_=~s/D/Asp./g; $_=~s/M/Met./g; $_=~s/E/Glu./g; $_=~s/R/Arg./g; $_=~s/W/Trp./g; $_=~s/Q/Gln./g; $_=~s/K/Lys./g; $_=~s/C/Cys./g; $_=~s/N/Asn./g; print sequence:; print $_,\n; #如果开头不是“”，就进行替换并且输出. } } close (INFILE); #关掉文件 1、安装Perl.exe和Tool.exe。 2、打开Untitledpig.cgi。 3、记得改路径，你下载的FastA.Txt放到哪个路径就改成相应的。在Open语句中改。 4、点击运行就可以了。 结果会显示如下： reference:1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE ?sequence:Ala.Gln.Tyr.Glu.Asp.Gly.Lys.Gln.Tyr.Thr.Thr.Leu.Glu.Lys.Pro.Val.Ala.Gly.Ala.Pro.Gln.Val.Leu.Glu.Phe.Phe.Ser.Phe.Phe.Cys.Pro.His.Cys.Tyr.Gln.Phe.Glu.Glu.Val.Leu.His.Ile.Ser.Asp.Asn.Val.Lys.Lys.Lys.Leu.Pro.Glu.Gly.Val.Lys.Met.Thr.Lys.Tyr.His.Val.Asn.Phe.Met.Gly.Gly.Asp.Leu.Gly.Lys.Asp.Leu.Thr.Gln.Ala.Trp.Ala.Val.Ala.Met. ?sequence:Ala.Leu.Gly.Val.Glu.Asp.Lys.Val.Thr.Val.Pro.Leu.Phe.Glu.Gly.Val.Gln.Lys.Thr.Gln.Thr.Ile.Arg.Ser.Ala.Ser.Asp.Ile.Arg.Asp.Val.Phe.Ile.Asn.Al