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【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载） Bioinformatics 2011-01-11 11:39:58 阅读47 评论0 ??字号：大中小?订阅 本文引用自人生若只如初见《【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载）》 和大家分享这篇日志，我的看法是： ? 原文地址：【引用】对于研究生有用的一些生物信息学知????原文作者：人生若只如初见和大家分享这篇日志，我的看法是： ? 原文地址：对于研究生有用的一些生物信息学知识（转载????原文作者：fhqdddddd??????还有几个月快毕业离校了，写完硕士论文翻翻电脑中的资料，感觉可能对一些同学有用，我把一些自己曾经用过的东西整理了一下，希望对读研期间的同学能多少有些帮助，有些东西我可能写的不是很详细，另有一些电子书，附件上传以下软件内容多用于批量处理核酸或蛋白的序列，少量的完全没有必要这么麻烦。1 .Blast程序本地化使用的方法（转）Blast程序的下载地址: /blast/executables/release/2.2.9/blast-2.2.9-ia32-win32.exe数据库的下载/blast/db/FASTA/其中 nr.gz 为非冗余的数据库，nt.gz 为核酸数据库month.nt.gz 为最近一个月的核酸序列数据。下载完后，blast-2.2.9-ia32-win32.exe 为自解压文件，双击运行后，在当前目录中会释放许多程序。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩。得到 month.nt 然后使用formatdb.exe对数据库进行格式化。在MS-DOS环境下，输入formatdb.exe -i month.nt -p F -o T-i input file 参数用于指定需要格式的数据库-p type of file 用于指定文件类型，T 为蛋白质，F为核酸，默认为 T-o parse options 用于指定是否解析序列ID并创建索引 T 为创建，F为不创建，默认为F。接着就是blastall.exe 的使用先找到要对比的序列，这里是从程序包使用说明中拿来的一段FASTA格式的序列作为测试序列。? ?TestAGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGCTTCTGAACTGGTTACCTGCCGTGAGTAAATTAAAATTTTATTGACTTAGGTCACTAAATACTTTAACCAA将此段序列保存为test.txt 置于程序目录下。然后在DOS窗口下，使用 blastall -p blastn -d month.nt -i test.txt -o out.txt-p program name 为需要使用的程序名? ?blastn 为核酸序列对比有哪些信誉好的足球投注网站? ?blastp 为蛋白质序列对比有哪些信誉好的足球投注网站? ?blastx 为用被翻译的核酸序列在蛋白质数据库中有哪些信誉好的足球投注网站? ?tblastn 为 用蛋白质序列在 [核酸序列翻译后数据库] [**1]中有哪些信誉好的足球投注网站? ?tblastx 为用翻译后的核酸序列 在 核酸序列翻译后数据库中有哪些信誉好的足球投注网站??注:[**1]原英文为 translated nucleotide database 意思为，将核酸序列通过计算机翻译为对应的蛋白质序列而形成的数据库，此处我自己水平有限，不知道该怎么正确翻译，特此注明。-d database name 指定所使用的数据库名称-i input file 待有哪些信誉好的足球投注网站的序列文件-o output file 指定保存结果的文件即可在out.txt中得到相应的结果。此外，之前由于在使用formatdb.exe 使 没有使用 -o T 参数，导致没有生成索引文件，出现了以下错误提示：[NULL_Caption] WARNING: Test: Could not find index files for database month.nt在此说明，希望能对以后遇到和我一样错误的人，一个正确的解决办法，那就是在使用formatdb.exe时,不要忘了-o 参数，因为这个参数默认是不创建索引的，另外数据库的类型不要弄错了 附赠blast批量解析perl脚本(linux系统运行，xp下需安装Avtiveperl运行)，解析内容包括相似性最高的gene ID, E-value,score功能注释#!/usr/bin/perl -w? ?(blast解析脚本)open (ONE,fxzdownblast.out);while ($one=ONE) {? ? $num=0;? ?? ? if ($one=~/Query=/