(蛋白结构数据库.ppt

PDB数据库 1.简介 美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB 蛋白质晶体结构资料数据库 (Protein Data Bank)。 PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（Research Collaboration for Structural Bioinformatics, RCSB）负责。 2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 3.数据统计 截止2008年4月，PDB数据库已含有50277 个结构数据，其中约93%是蛋白质的结构。 4.数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。 例1：查询“PDB ID = 2ITY ”的结构数据 (1)登陆PDB网站 /pdb/ (2)在上方的有哪些信誉好的足球投注网站栏选中“PDB ID or keyword ” ，在文本框中输入“2ITY ”，单击Site Search按钮，出现结果。 数据查看： (3)分别单击标签Biology Chemistry生物学和化学，Materials Methods材料和方法，Sequence Details细分序列，Geometry几何形态，观察数据信息。也可以单击Help查看帮助文件。 (4)回到Structure Summary组织摘要，标签，在右侧的Images and Visualization区域可以观察蛋白的三维结构，可以单击KiNG，Jmol，WebMol等查看三维结构。 (5)单击左侧目录中的Download Files下载不同格式和内容的文件；或下载FASTA序列文件；也可单击1adz 右侧的Download PDB file 图标下载PDB文件(1adz.pdb)。 例2：查询“人calmodulin (钙调素蛋白：一种钙结合蛋白)” (1)登陆PDB网站 (2)单击Advanced search→将Structure Title 限制为human和calmodulin →单击Evaluate Query (3)得到多个结构数据，其中“PDB ID = 1GGZ”的有哪些信誉好的足球投注网站结果最符合要求，是人上皮细胞中的钙调素样蛋白，单击此ID，进入1GGZ的具体界面。 5.数据结构 PDB中对于每一个结构记录，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。 每条记录有两种序列信息，一种是显式序列信息(explicit sequence)，一种是隐式序列信息(implicit sequence)。 在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。 PDB数据库的详细字段说明如下： 6.结构模型显示软件 RasMol RasMol是一个进行分子三维立体结构显示的软件，可以非常方便地观察蛋白质、核酸以及一些小分子的三维结构，并在自己的个人电脑上，以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转，观察此分子的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。 例如：在RasMol软件下观察1GGZ.pdb结构 (1)下载并安装RasMol （/software/rasmol/ ） (2)单击开始→程序→Raswin→Raswin，运行RasMol。 (3)当运行RasMol时，程序首先打开具有黑色背景的主窗口（显示窗口），同时也会打开另一个窗口，其背景色是白色的，被称作“命令行窗口”。初始运行时，命令行窗口通常为最小化状态，用ALT+TAB键切换，即可打开该窗口，在主显示窗口的菜单中的任何选择和操作，均可在此窗口中输入命令行实现。 (4)单击RasMol主菜单上的“File/Open”载入“人上皮细胞calmodulin样蛋白”的结构数据(即1GGZ.pdb)。 (5)蛋白质分子的外观立体结构观察：利用RasMol主菜单上的“Display”命令中的不同显示模式来变换分子的三维立体结构的外观。 (6)蛋白质分子的外观立体结构的颜色显示模式：利用主菜单上的“Colours”命令来选择不同的颜色显示模式，以进一步更直观、清晰地展示所要观察的分子的立体结构。 (