《生物信息学》复习提纲..doc

《生物信息学》 一、 1、bioinformatics 生物信息学，狭义的生物信息学是指将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获取、加工、存储、分类、检索与分析，以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的一门交叉学科。广义上的生物信息学是指运用计算机技术，处理、分析生物学数据，以揭示生物学数据背后蕴藏的意义的所有知识体系。 2、ORF pen Reading Frame，开放阅读框oding sequence，基因的编码区（Coding region），是指DNA或RNA中由外显子组成，编码蛋白质的部分。（或“前导序列”）（或“尾随序列”） 5、proteomics 蛋白质组学，对特定的通路、细胞器、细胞、组织、器官和肌体中包含的所有蛋白质，进行鉴定、表征和定量，提供关于该系统准确和全面数据的学科。transcriptome 转录组，也称为“转录物组”，广义上指在相同环境（或生理条件）下的一个细胞、组织或生物体中出现的所有RNA的总和，包括mRNA、rRNA、tRNA及非编码RNA；狭义上则指细胞所能转录出的所有mRNA。 8、metabonomics 代谢组学，属于系统生物学的一个重要组成部分，效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，从而研究生命体对外界刺激、病理生理变化、以及本身基因突变而产生的其体内代谢物水平的多元动态反应。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。 9、functional genomics 功能基因组学，是一门利用结构基因组学研究所得到的各种信息，建立和发展各种技术和实验模型来测定基因和基因组非编码序列的生物学功能的学科。 genomic mapping 基因组作图，就是确定界标或基因在构成基因组的每条染色体上的位置，以及同条染色体上各个界标或基因之间的相对距离。 、microarray DNA微阵列，又称基因芯片（gene chip），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。、alignment 序列比对，或叫联配，是指在两条或多条序列中寻找按照相同次序排布的一连串单字符或字符模块的过程 、BLAST basic local alignmeng search tools 同源序列比对工具的一个集合，也是一种两两序列比对算法的名称 phylogeny 系统发生（或系统发育），是指生物形成或进化的历史 18、rthologs 直系同源 指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的基因或蛋白，并且典型的保留与原始基因或蛋白有相同的功能。Paralogs 旁系同源，是指是指同一基因组(或同系物种的基因组)中，由于始祖基因的加倍而横向(horizontal)产生的几个同源基因。 20、CADD Computer Aided Drug Design 计算机辅助药物设计 、HMM Hidden Markov model隐马尔科夫模型 22、CpG岛 是指哺乳类生物基因组中长度为0.5～4kb的一段富含胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G）及使两者相连的磷酸酯键（p）成分的DNA序列，几乎都位于基因的启动子区。 二、生物信息学软件或在线工具1. Clustal（或Clustal X） 多序列比对软件（X为视窗版，W为命令行版） 2. Phylip 一种命令行格式的分子系统发育分析软件，包含多种算法 3. BioEdit 一种以序列编辑与分析为主的功能比较全面的综合性软件 4. Mega 一种视窗版的序列统计和进化分析的工具包（具备web序列数据库检索和多序列比对功能） 5. Treeview 进化树图形编辑软件 6. RASMOL 三维分子结构显示和分析软件 7. Primer Premier PCR引物设计软件 8. RNAstructure 建立在Turner热力学数据基础上的RNA二级结构预测软件 、生物信息学、NCBI National Center of Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心EBI European Bioinformatics Institute 欧洲生物信息研究所，其下的EMBL（European Molecular Biology Laboratory）数据库是世界三大DNA数据库之一。 3、DDBJ DNA Data Bank of Japan日本DNA数据库、KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因与基因组百科全书 7、ExPASy Expe