生物信息学基因多态性作业..doc

生物信息学基因多态性作业 运用NCBI查询中国汉族人群中细胞色素P4501B1基因多态性 细胞色素P450(cytochrome, CYP)1B1是P450 超基因家族酶系的一个重要成员，是一种重要的细胞色素氧化酶，1994年由 Sut2ter等在人类中发现。它广泛存在于肝外组织,如肺、乳腺、子宫、中枢神经等。 CYP 1B1能氧化代谢许多前致癌物(如催化多环芳香烃和芳香胺的活化)和体内的甾体激素(如介导17- 雌二醇羟化 ,形成 4- 儿茶酚雌激素)。与 CYP 1A1、 1A2、3A3、3A4相比 , CYP 1B1催化雌二醇 4- 羟化活性最高 , 是4- 羟化代谢的主要酶, CYP 1B1的活性就可通过该代谢反应来测定。有的研究还认为 CYP 1B1是肿瘤组织的特异性表达, 因此 ,1B1不仅是环境致癌物生物活化的重要酶,而且对甾体激素的调节以及一些毒性甾体激素代谢产物的生成也具有重要的意义 ,从而在乳腺癌的形成中起着重要作用。该基因存在遗传多态性，且多态性具有种族差异。 现运用NCBI GenBank 数据库，查找该基因SNP: 1．进入 2.选择“SNP”，有哪些信誉好的足球投注网站基因“human CYP1B1” 3．出现了291条结果： 4.随便点一个进去,以rs1056837 为例： 出现了该SNP的很多信息，在GeneView栏目下选择 in gene region: 显示了CYP1B1基因的所有 SNP数据，截取如下： 5.这时选择另一个工具：hapmap, 配置选CHB，中国人群，点执行： 出现12个在中国汉族人群中的SNPs： rs9341266 A/G chr2 rs2855658 C/T chr2 rs10916 A/C chr2rs9341260 C/T chr2 rs162562 G/T chr2 rs1800440 C/T chr2 rs1056837 A/G chr2 rs1056836 C/G chr2 rs9341256 C/T chr2 rs162561 G/T chr2 rs9341250 A/C chr2 rs2551188 C/T chr2 这些SNPs都可以在Hapmap上查到它的概况、区域和细节等等。 6． 再回到NCBI数据库，可知rs9341266 rs2855658 rs10916 rs9341260 rs162562 都是位于3’UTR非翻译区，pubmed上有几篇这几个SNP与肺癌、白种人乳腺癌、胃癌、前列腺癌的发病风险关系的文章。 A. rs1800440 是外显子上的错义突变： 中国汉族人群频率：是AA纯合子。 其前后的基因序列为： 有文献报道其与前列腺癌发病相关。 B. rs1056837．外显子上的错义及同义突变： 在中国汉族人群中纯合子和杂合子的频率如下： 有文献报道该SNP位点与中国原发性先天性青光眼的发病相关。 C. rs1056836 ：外显子上的错义突变 在中国汉族人群中的频率 有文献报道该基因与乳腺癌发病有关。 D．rs9341250 外显子错义突变 该位点可能与乳腺癌相关。 rs9341256 rs162561 rs2551188 是位于内含子的SNP。 7．选择rs1056836做PCR引物，用primer3,得出结果如下： OLIGO start len tm gc% any 3 seq LEFT PRIMER 147 20 60.07 50.00 4.00 1.00 TGTCCTGGCCTTCCTTTATG RIGHT PRIMER 391 20 59.98 55.00 4.00 2.00 TCATCACTCTGCTGGTCAGG SEQUENCE SIZE: 601 INCLUDED REGION SIZE: 601 PRODUCT SIZE: 245, PAIR ANY COMPL: 5.00, PAIR 3 COMPL: 1.00 1 TAAGAATTTTGCTCACTTGCTTTTCTCTCTCCACATTAAACACCAAACAGGTATCCTGAT 61 GTGCAGACTCGAGTGCAGGCAGAATTGGATCAGGTCGTGGGGAGGGACCGTCTGCCTTGT