蛋白与蛋白的相互作用软件分析..docx

蛋白质相互作用网络分析软件??2011-06-02 20:08:07|??分类：?默认分类|字号?订阅写在开始的一段话－－生物信息学手段已经为生物、医药学技术研究领域提供了大量常用工具，比如大家常用的各种软件、数据库、网络服务等。所以本讨论版开设新的话题，就分子生物技术中的生物信息手段作讨论。力求实用，专业性强！能介绍必威体育精装版的专业数据库，推荐领域前沿的新方法、技术，尽量不探讨过深的生物物理学、计算算法，抛砖引玉，望大家补充为盼！?请注意:【原创文章||转载请注明来源丁香园?】【Osprey】?【作者】 Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers【网址】http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index【编程语言】 Java【操作平台】 Window2000/xp/9x; Linux,Unix;【介绍】 a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，其中的Chris Stark, Mike Tyers都是在蛋白质组研究中的大牛人，这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时，绝对不可以孤立的、静止地研究其本身，一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸，这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来！这个和蛋白质表达谱一样，会给研究者提供大量的功能信息！例如：蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用，即相互作用谱一致，那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话，pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。在研究功能的战友一定要试一试！软件本身和自己的两个数据库整合在一起，(BIND,GRID)数据较全，功能全面，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接，使用户很方便。其中的GRID为StanforUniverstiy定为默认的查询库！【功能】蛋白质相互作用网络的可视化系统，可以查询,添加自己的数据【优势】界面友好，功能全面，和数据库整合较好【数据库】有关数据库会有专题介绍BIND:TheBiomolecular Interaction Network Databasehttp://www.bind.caGRID: General Repository for Interaction Datasetshttp://biodata.mshri.on.ca/grid/servlet/Index【参考文献】Osprey: a network visualization system Bobby-Joe Breitkreutz1, 2, Chris Stark1, 2 and Mike Tyers1?1Address: Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, University Avenue, Toronto, M5G 1X5, CanadaGenome Biology 2003 4(3):R22 Correspondence: Mike Tyers. E-mail: tyers@mshri.on.ca?附图：[未完持续,同类软件推荐ing]???【PIN】?【作者】Shiwei Sun, et al.【开发语言】Java【网址】/PIN/【介绍】a bioinformatics software package to visualize the proteins interaction and function annotations. The software allows the user to search for information on putative protein interactions and function classes identified by our algorithm or reported in the literature. Yeast protein interaction datasets are included in the so