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第一章 基因组是地球上每一物种具有的生物学信息的存储库。指生物的整套染色体所含有的全部DNA或RNA序列。 转录组，即那些含有细胞在特定时间所需生物信息、编码蛋白质的基因衍生而来的RNA分子的集合。 蛋白质组，即细胞中那些决定细胞能够进行生化反应的所有蛋白质组分 2.理解基因由DNA（或RNA）组成的三个实验； ①肺炎双球菌的转化试验； ②噬菌体感染实验； ③烟草花叶病毒的感染实验。 3.掌握双螺旋结构的关键特征： 1).DNA分子通常以右手双螺旋形式存在，两条核苷酸链反向平行，且互为互补链。 2).戊糖－磷酸骨架在分子的外铡，在分子表面形成大沟和小沟，碱基堆积于螺旋内部. 3).碱基间通过氢键相互连接，A和T以2个氢键配对，G和C以3个氢键配对. 4).螺旋中相邻碱基间相隔0.34nm，每10个碱基对螺旋上升一圈，螺距为3.4nm，直径为2.37nm。 4.描述蛋白质结构的不同层次； a. 一级结构：氨基酸通过肽键连接成一条多肽链（由肽键稳定） b. 二级结构：指多肽采取的不同构象，由不同氨基酸之间形成的氢键所稳定 c. 三级结构：将多肽链的二级结构组分折叠成为三维构型而形成的（氢键，R基团静电相互作用，疏水相互作用，二硫键） d. 四级结构：两条或更多已形成三级结构的多肽链组合在一起形成一个多亚基蛋白质。（二硫键，氢键，疏水相互作用） 5.正确区分编码RNA和功能性RNA； 总RNA 6.描述遗传密码的关键特征； 1）共有64个密码子，每个密码子三联体(triplet)决定一种氨基酸； 2)密码子具有方向性，例如AUC是Ile的密码子，A为5端碱基，C为3端碱基。因此密码也具有方向性，即mRNA从5端到3端的核苷酸排列顺序就决定了多肽链中从N端到C端的氨基酸排列顺序; 3)密码子有简并性(degeneracy)一种氨基酸有几个密码子，或者几个密码子代表一种氨基酸的现象称为密码子的简并性。 4)密码子有通用性，即不论是病毒、原核生物还是真核生物密码子的含义都是相同的。 7.掌握转录组学和蛋白质组学的一般研究方法，特别是SAGE技术、微阵列和基因芯片技术以及鉴定蛋白质相互作用的技术（噬菌体展示、酵母双杂交等）。 研究转录组学的一般方法： 1）基因表达系列分析（SAGE）：SAGE技术不是研究完整的cDNA，它产生长度12bp的短序列，每一条都代表了转录组中存在的一种mRNA。 2）DNA微阵列技术 DNA微阵列技术指在固体表面（玻璃片或尼龙膜）上固定成千上万DNA克隆片段，或人工合成的寡核苷酸片段，用荧光或其他标记的mRNA ,cDNA或基因组DNA探针进行杂交，从而同时快速检测多个基因表达状况或发现新基因，快速检测DNA序列突变，绘制SNP遗传连锁图，进行DNA序列分析等的一种新技术。 3）基因芯片技术主要包括四个主要步骤：芯片制备、样品制备、杂交反应和信号检测、结果分析 研究蛋白质组学的一般方法： 蛋白谱（两项技术：蛋白电泳+质谱） 蛋白印迹法（western杂交） 鉴定与某一蛋白质相互作用的蛋白质 a. 噬菌体展示：该技术采用了一种基于l噬菌体或某种丝状噬菌体的独特的克隆载体。将外源蛋白或多肽的DNA序列插入到噬菌体外壳蛋白结构基因的适当位置，使外源基因随外壳蛋白的表达而表达，同时,外源蛋白随噬菌体的重新组装而展示到噬菌体表面的生物技术。 b. 酵母双杂交: 双杂交系统使用缺乏某一报告基因相应激活因子的酿酒酵母菌株，此时报告基因是不表达的。 激活因子（转录因子）：一类控制基因表达的蛋白质，包含DNA结合结构域和转录激活结构域。 4）蛋白质相互作用图谱 第二章 1.DNA重组研究中所使用的不同类型酶的活性及主要作用 1）末端修饰酶：改变DNA分子末端，为连接实验的设计增加可操作空间。 a.碱性磷酸酶:去掉DNA分子5’端磷酸基团，从而阻止这些分子连接到其他分子上 b.末端脱氧核糖核苷酸转移酶：属于模板非依赖的DNA聚合酶。 c. T4多聚核苷酸激酶：向DNA分子 5’端添加磷酸基团，主要用于DNA分子的末端标记。 2)DNA聚合酶：以现有DNA或RNA分子为模板合成DNA的酶 3)DNA连接酶:通过DNA连接酶可以将限制性内切核酸酶消化产生的DNA片段重新连接起来，或者连接到一个新的分子上。 2.明确DNA聚合酶的重要特征，区分基因组研究中所使用的各种DNA聚合酶 重要特征：具备聚合酶功能，3—5外切功能，和5—3外切功能（聚合酶1有，Klenow没有） 在进行DNA体外标记的时候a.缺口平移法采用的是DNA聚合酶1；b.末端标记法采用的是Klenow片段；c.随机引物法采用的klenow片段 3.说明限制性内切酶切割DNA的