分子标记与取样策略分子标记与取样策略.ppt

同工酶与等位酶 分子标记与取样策略Molecular markers and sampling strategies 内容 分子标记 取样策略 同工酶 RFLP RAPD AFLP SSR 分子标记的种类与历史 蛋白质：同工酶(等位酶)六十年代以来 核苷酸序列和片段：tRNA（1965） 1980年以来：RFLP 1984年以来：SSR 1990年以来：RAPD 1993年以来：AFLP 取样策略 问题： 应该研究多少居群？ 每个居群应该检测多少个体？ 应该用多少位点 取样居群数 ？？？（对研究mating system而言，不少于10？） 要检测到频率不低于特定值的同一位点的所有等位基因需检测的最少个体数 在HWP下，要检测到频率不低于特定值的同一位点的所有共显性表达的等位基因需检测的最少个体数 如果一个母本有多个多态位点，每个位点只有2个共显性等位基因，要检测到几个位点的频率不低于特定值的所有等位基因需检测的最少配子体数 Acacia mangium三种分子标记的比较 同工酶与等位酶 同工酶(isozyme)：电泳所可区分的同一种酶（系统）的不同变化 等位酶(allozyme)：由一个位点的不同等位基因编码的同种酶的不同类型，其功能相同但氨基酸序列不同 等位酶分析的过程 夏腊梅 例子：夏腊梅在居群水平、家系水平和果序水平的异交率 推荐读物与数据处理程序 王中仁.1996.植物等位酶分析.北京：科学出版社 等位酶应用的论文 BIOSYS-1 RAPD RAPD RFLP RFLP 荧光标记全自动AFLP原理与方法 For ABI 377 DNA Sequencer and AFLP Kits What is AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism. AFLP technology combines the power of Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) with the flexibility and power of PCR. Keygene N. V. Wageningen, the Netherlands Zabeau, M., and P. Vos. 1993. Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerpringting. European Patent Application, Publ. No.: EP0534858, no.7. Vos, P. et al. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research, 23:4407-4414. AFLP的实验过程 Features of AFLP Markers Free of artifacts Co-migration of non-allelic fragments occurs at extremely low level No prior knowledge of genome is needed Perfect replicability Small quantity of DNA High efficiency, more markers per primer, high polymorphism Segregation as Mendelian High accuracy Sample all genome Shortcomings of AFLP Dominant (4-15% co-dominant) Problem in homology of markers Applications of AFLP Markers Systematics Biodiversity Population structure, differentiation, Fst, gene flow, dispersal, outcrossing, introgression, hybridization clonal identification modes of reproduction Fingerpringting: individual identification, parentage analysis (paternity) QTL mapping (50% of papers) 为什么用双酶解? 适合PCR扩增的效率与变性胶的分辨率 减少PCR扩增的片段,从而减少使用选择性碱基的数目 使标记单链成为