針对toxR基因建立的环介导等温扩增(LAMP)法检测副溶血.docVIP

 针对toxR基因建立的环介导温扩增法检测副溶血性弧菌Development of a toxR-based loop-mediated isothermal amplification assay for detecting Vibrio parahaemolyticus [关键词] toxR基因；等温扩增（LAMP）技术检测本研究通过toxR建立了高特异、敏感的环介导等温扩增（LAMP）技术检测牡蛎中的副溶血性弧菌。根据已有的toxR序列设计了5对引物，36株副溶血性弧菌和其他39株菌株进行了特异性检测；使用ATCC 27969菌株，进行了灵敏度实验，梯度稀释从108CFU/ml到0。该方法具有很好的特异性，纯培养中的检出限为47-470细胞，是普通PCR的100倍；不用富集可以检测到每克牡蛎样品中的1.1×105个副溶血性弧菌细胞，达到普通PCR 100倍以上的灵敏度。纯培养和牡蛎样品中检测时的标准曲线表明细胞数量与荧光或浑浊度信号间有很好的线性关系。以后可以应用到生蚝中副溶血性弧菌的检测。/1471-2180/10/41，2010） 基于16S-23S rRNAPCR方法弧菌PCR-based method for targeting 16S-23S rRNA intergenic spacer regions among Vibrio species [关键词] 基因；PCR；弧菌本研究开发了一种基于基因间隔区（IGS）可以对弧菌分型的新颖、快速的聚合酶链反应（PCR），该方法针对细菌染色体上的16S和23S rRNA基因间的间隔序列。利用毛细管电泳技术的优势进行了系统优化，解决了异源双链形成实现了快速的重现分析。通过对69株典型的弧菌进行了系统验证，建立了48种弧菌基因间隔区分型数据库。几种聚类方法分析这些数据，都能够很好区分这69类型的菌株，表明该PCR指纹方法能够在种的水平上很好区分弧菌。这种快速、可靠、高效的基因间隔区分型方法体系，特别是结合16S rRNA基因测序，不但能够在种的水平上区分、鉴定，而且在某些情况下，可以达到亚种的水平。/1471-2180/10/90，2010) 比较基因组分析弧菌两个新种霍乱弧菌密切相关Comparative genomic analysis reveals evidence of two novel Vibrio species closely related to V.cholerae [关键词] 基因组测序PCR；霍乱弧菌基因组测序鉴定两个弧菌新种：RC341和RC586。根据整个基因组的平均核苷酸值（ANI）、平均氨基酸值（AAI）、rpoB基因相似性，多基因序列分析（MLSA）和系统发育分析结果，新种与霍乱弧菌和拟态弧菌相似。在鉴别和选择性培养基上RC341和RC586分别表现霍乱弧菌和拟态弧菌相似，但它们的基因组存在12至15％的差别。RC341和RC586分别有2104（59％）和2058（56％）个开放阅读框与已研究的霍乱弧菌和拟态弧菌主要基因组相似；两新种间有2926个相似发现霍乱弧菌和拟态弧菌的毒力相关因子和毒力岛其中包括VSP-I和II。分析结果表明以前称为霍乱弧菌变种的这两种环境弧菌，是从霍乱弧菌和拟态弧菌进化分支上进化的新物种。http://ukpmc.ac.uk/abstract/MED2010) 为什么细菌染色体基因进化更快Why Genes Evolve Faster on Secondary Chromosomes in Bacteria [关键词] 基因染色体进化从伯克氏菌和弧菌两个属中选择由复染色体组成的细菌基因组，并量化了各属内同源基因的进化速率（dN 和dS）。次要染色体上同源基因的两个进化速率参数比在主要染色体上的要大。此外，发现在次要染色体上存在较弱的密码子使用偏好。更快的变异和通用密码子影响染色体定位，使得次要染色体上的基因在较少的复制下或特异基因的选择下，能够较快适应选择。使用复染色体和单染色体上共有的同源基因评价了这些选择。这些同源基因的调整分析表明本质上快速进化的基因存在于次要染色体上；但是，次要染色体的长期进化促进了置换速率。总之，细菌的次要染色体是进化区，在这里基因可能因为较少的使用，而保护较弱，从而进化更快。（/pubmed/203690152010）DNA腺嘌呤甲基化霍乱弧菌染色体每一细胞周期复制DNA