基因组学技术在致病基因发现__培训课件.ppt

JCO Aug 1 Online 专利申请 美国专利 US1975-2011.7.4：METHOD FOR PREDICTING RESPONSE OR PROGNOSIS OF LUNG ADENOCARCINOMA WITH EGFR-ACTIVATING MUTATIONS 世界专利：申请中 基因检测实验室 退件 复查 退件 复查 流程 Final Report Pathologist Reference Lab 医院收集检体及上传临床资料、(病理学报告(HE stain的图片)) Hospital 复查 EGFR typing Good Quality Bad Quality Check DNARNA Quality Lung Cancer and High-tumor cell content HE stain (非必要，除非医院没上传 实验室收到检体 Non-Lung Cancer or Low-tumor cell content Confirm cell type * EGFR 基因检测 第一线筛选 Clamp 第二线验证 DNA 质谱仪 ADx-ARMS 依医师要求 直接测序 实验室端：分配实验流程工作、确认实验程序流畅度、掌握时效性 医院端：申请帐户、使用说明及谘询、疑难解决、检体配送掌控 报告处理及资料分析：确认实验数据及资料正确性处理联机报告发送事宜 联系沟通及谘询服务 肺癌标靶治疗的策略 Screening Early detection Diagnosis staging Inoperable Operable Risk genes, SNPs, others LD Spiral CT, Smart imaging, etc New staging system :TNMC Micrometastasis Predict Outcome and Metastasis Chemoprevention Clinical trial Predict Chemotherapy Response (ERCC1, RRM1) Target therapy (EGFR) Clinical trial Clinical network Biomarkers New methods Gene, miRNA Biomarkers Thanks for attention! 一些病例学家认为人类。。。 但并非所有先天性疾病都为遗传病，也非所有遗传病都是先天的，有些遗传病发病年龄较晚 * 唐氏筛查（先天愚型）21三体综合征， 第二常见的如18三体综合征。 * 功能克隆(functional cloning) 利用疾病已知的遗传损害，如某种生化功能的缺陷，进行基因定位和克隆。例如，在检测出疾病的异常蛋白后，利用其mRNA反转录为cDNA，再以cDNA为探针从基因组中“钓出”致病基因。 * 位置克隆在单基因病致病基因研究中发挥了最为重要的作用，而连锁分析是位置克隆策略的核心。 它最初是由Morton根据似然性估计的原理提出的一种优势对数分数法（Log odds score）[10]。后来，Ott对LOD Score法进行详细描述，并将其计算过程实现计算机程序化，使得此方法得到广泛应用[11]。LOD值大于3.0（即连锁比不连锁的比值为1000：1），被认为是显著连锁关系。需提供各项描述疾病遗传模式的参数，显性还是隐性？致病基因频率、外显率、拟表型率等 非参数连锁分析是进行锁分析的另一种有效手段，不需要事先确定疾病或性状的遗传模式，而是建立在等位基因共享基础上进行统计分析。 在基因组上，患者共享程度越高的区域，就是越有可能包括共同致病疾病基因的区域。 两种方法经常同时使用，相辅相成。 * 先证者的大家系。在有血缘关系的43个成员中，15人患高胆固醇血症。先证者表姨（II-21）生前患严重的高胆固醇血症，且皮肤多部位存在黄色瘤，已于15岁时心梗死亡。先证者病情严重，且未检测到已知突变，值得深入研究。 * 先证者父母胆固醇都较高 * 家族性高胆固醇血症采用全基因组连锁分析芯片illumine Linkage-12 DNA Analysis Kit （Illumina, San Diego, USA）。该芯片覆盖了人的全部23对染色体，遗传标记均匀分布，没有未被覆盖的空洞（图2-14）。共包含了6090个单核苷酸多态位点（SNP），平均的遗传密度为0.55cM,平均物理距离为441kb。其亚洲最小的等位基因频率为0.28。 * HumanCNV-370完全覆盖了14000个CNV区域。在SNP沙漠区，MHC区域都有较好的覆盖。 * 参数和非参数双区域连锁分析提示3号和21号染色体之间存在相互作用。