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2D谱疑难解析这是网上列举的部分实例,有些是很有参考价值的,有些
2D谱疑难解析这是网上列举的部分实例,有些是很有参考价值的,有些值得商榷,欢迎讨论[很想知道都那些专家得出的建议,以便特邀讨论。这个是标准2D谱
---以下是参考谱和参考分析—
氨基甲酰化(Carbamylation trains)导致太多蛋白斑点串,不属于常规的磷酸化等修饰可能原因:尿素(urea)不纯建议:用更纯的尿素,避免样品加热,或者用Amberlite IRN-150L去异氰酸盐(isocyanate)
蛋白样品制备步骤错误导致蛋白丢失可能原因:样品制备TCA/丙酮沉淀后用预冷的丙酮洗涤沉淀,导致TCA残留建议:用90%丙酮/10%H2O洗涤,可以彻底洗去TCA不同的样品制备步骤导致完全不同的蛋白斑点图谱
右边的垂直条带包含了所有pIs值pH7的蛋白。可能原因:??建议:????
样品含高丰度蛋白导致出现水平条带可能原因:高丰度蛋白聚集后,若采用胶面朝下的胶条槽,易造成水平条带。建议:采用杯上样胶条槽或manifold等胶面朝上的胶条槽。
出现水平条带(窄pH范围胶条)可能原因:聚焦不够,或者盐离子过多造成水平条带的其它原因:Detergent去污剂浓度过低尿素浓度过低DTT浓度过低,或者用量过少上样位置不合适(比如cup loading)蛋白酶活性胶条溶胀时间过短样品中含有不溶的蛋白(centrifuge 1 hr / 40,000 g) 空气中的CO2
试剂不新鲜可能原因:TEMED不新鲜。建议:尽管TEMED用量很少,还是建议每年更换一瓶TEMED。
试剂质量影响蛋白斑点成像可能原因:Tris质量不好
步骤错误导致蛋白丢失可能原因:蛋白转移电压过高(400V,18cm胶)——在开始的45分钟内不要超过2W/gel(Ettan size)
植物样品可能原因:多糖未去除干净,被考马氏亮蓝染色建议:样品用clean-up处理
蛋白斑点出现垂直条带可能原因:平衡过程中DTT不足,导致一些蛋白出现垂直条带。
样品中含盐等离子过高可能原因:样品中含盐等离子杂质过高,导致等电聚焦失败。建议:避免过多盐,需除盐,如在洗细胞时要把PBS在离心后彻底移除,或在最后一步清洗时采用250mM蔗糖/10mM Tris 洗细胞。
pH6-11的胶条Rehydration Loading Cup loading
建议:对于碱性pH范围胶条,用杯上样效果更好
保存第二向凝胶时温度太低可能原因:保存第二向凝胶时温度太低, SDS有沉淀建议:长时间保存(2days - 2weeks)在4-8, 在二向进行前应提前把凝胶取出,室温放置。
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