高斯入门[精选].ppt

(2) G98辅助程序的使用： Formchk.exe 该程序用于将非文本方式的chk文件，转化为文本方式的 chk文件，使用方式： a. 直接从G98的菜单中运行： 选择chk文件： 最终产生扩展名为fch的文件。 B. 命令行方式运行： Unfchk.exe 该辅助工具用途与formchk相反，是将文本方式存放的chk文件 转化为二进制格式(binary)存放。 使用方式： Freqchk.exe: 该工具用于从chk文件中读取freq的计算结果： 与Freq计算相比，采用该方法可以考虑温度、压力以及同位 素质量对IR振动光谱的影响，输出结果与Freq计算结果类似。 chkmove.exe: 该辅助工具主要用于将在某一平台下的chk移植到另一平台， 例如将在linux系统下运行G98得到的chk文件移植到Windows 平台上，以便于作进一步计算或结果处理，具体步骤如下： 在linux平台下，先将二进制方式存放的chk文件，转化为文本 方式(注：该文本方式与formchk产生的不同) chkmove f try.chk try.fch 然后将try.fch文件传输到windows平台，再将其转化为二进制 格式的chk文件： 要转化为文本(F)还是非文本方式(U) (3) G98相关软件的使用： Gaussian程序作为目前流行的量子化学计算程序，具有很多 与其配套使用的程序，这里主要介绍分子轨道图形化软件的 使用： a. Molden程序的使用： 安装说明： Molden的运行环境是X-window，因此在运行Molden前，必 须事先安装好X-window，X-win程序在网络上也可获得。 使用： 要使用Molden观察MO图像，必须在Gaussian计算中使用下述 关键词：GFINPUT —输出基组 POP=FULL —输出分子轨道 %mem=64mb #p b3lyp/6-31g* gfinput pop=full C2H4 0,1 C C,1,1.34 H,1,1.0,2,120.0 H,1,1.0,2,120.0,3,180.0 H,2,1.0,1,120.0,3,0.0 H,2,1.0,1,120.0,3,180.0 以乙烯为例，其输入文件为： 使用过程： 运行X-win，激活X-window环境(以X-Winpro 5.3为例)： 运行Molden，后出现下图窗口： 点击read按钮，读取G98输出文件 退出Molden 点击Dens. Mode按钮，观测MO图像： 选择要画的MO轨道 将三维图像转化为二维登高线图 将图像保存为ps格式 Molden缺点在于三维MO图像不易于观测，因此主要适合于 平面分子体系。 B. Gopenmol的使用： 该软件十分适合于产生三维MO轨道图像，虽然使用流程较为 复杂，但该软件是免费软件，可从网络有哪些信誉好的足球投注网站上获得。该程序安 装过程简单，只需将下载的压缩包解压后，运行install即可。 %mem=64mb #p b3lyp/6-31g* cube(50,orbitals) C2H4 0,1 C C,1,1.34 H,1,1.0,2,120.0 H,1,1.0,2,120.0,3,180.0 H,2,1.0,1,120.0,3,0.0 H,2,1.0,1,120.0,3,180.0 c2h4.cub 8 9 使用该程序时，Gaussian输入文件需使用cube关键词，例如： 该数值用于指定计算的网格点 数，相当于MO图像的分辨率 用于存放cube计算结果的文件,该文件 位于Scratch目录下 所要考察的MO编号 使用过程： 运行位于bin目录下的rungopenmol.bat 对G98产生的cub文件进行处理，产生作图所需数据： 1 2 3 4 5 运行后产生： c2h48.plt c2h49.plt c2h4.crd 存放分子构型 步骤： 读入分子构型： 产生MO轨道拓扑图： 1 2 3 4 步骤： 5 保存： C. Gaussview的使用： Gview是专门为Gaussian程序设计的，其主要功能包括G98 输入文件的生成、MO图像以及振动光谱的图形化等等，它 可以读取G98输入文件、chk文件(包括文本和非文本)、cub 文件 、输出文件等。 由G98输入文件读取分子构型： 利用该方法，可以检查输入构型是否有误。 读取构型的几何参数: 从chk文件中读取MO等信息： 选择cube计算： 设定cu