一、转录因子结合位点的的表示方法.ppt

一、TRANSFAC数据库（ ） Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. TRANSFAC 7.0数据库收集的数据 Table FACTOR 其中： Homo sapiens（人类） Mus musculus （小鼠） D.melanogaster （黑腹果蝇） A.thaliana （拟南芥） S.cerevisiae （啤酒酵母） SITE MATRIX GENE (all entries) 其中： H.sapiens M.musculus D.melanogaster A.thaliana S.cerevisiae GENE (entries with SITE links) CLASS CELL TRANSFAC_7.0 6133 1040 765 233 1751 368 7915 398 2397 608 417 145 115 195 1504 50 1307 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 二、JASPAR数据库 （http://jaspar.cgb.ki.se ） Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. * BIOINFORMATIC ANALYSIS OF TRANSCRIPTIONAL REGULATION Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 引 言 第 一 节 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 、基因转录调节的基本模式 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 二、 基因转录调节机制的研究方法 实验方法： 荧光素酶报告基因（luciferase report gene） 凝胶迁移（electrophoreticmobility shift assays） 染色质免疫沉淀（chromosome immunopreciation，ChIP） DNase 足迹法（DNase footprinting） 信息学分析 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 转录调控的高通量实验测定 第 二 节 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 一、ChIP技术 创立者：上世纪八十年代末，Alexander Varshavsky等人 甲醛交联，稳定蛋白质-DNA复合物 裂解细胞，分离蛋白质-DNA复合物 加入特异性抗体，沉淀蛋白质- DNA复合物 去交联，纯化DNA 应用PCR技术，特异性扩增目的DNA片段 特点： 基本实验过程： 针对某一特定候选转录因子，是否特异性结合于所调节的靶基因某一预定区域内，如启动子区，进行检测。 对同一DNA底物, 可以运用多种不同的抗体, 分别进行免疫共沉淀,以