双脱氧末端终止测序法原理_过程和目标基因cDNA序列拼接和解读.ppt

* 提交任务 返回查询号（requestid） 可以修改显示结果格式 修改完显示格式后点击进入结果界面 * 结果页面1 图形示意结果 * 结果页面2 目标序列描述部分 带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列 匹配情况，分值，e值 * 结果页面3 详细的比对上的序列的排列情况 * （4）一个例子 假设以下为一未知蛋白序列 query_seq MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADST QA 我们通过blast有哪些信誉好的足球投注网站来获取一些这个序列的信息。 * 具体步骤： 1.登陆blast主页 /BLAST/ 2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果 * 1.登陆ncbi的blast主页 2.选择程序，因为查询序列是蛋白序列可以选择blastp，点击进入 也可以选择tblastn 作为演示， 我们这里选blastp * 3.填入序列（copy＋paste） Fasta格式，或者纯序列 4.选择有哪些信誉好的足球投注网站区域，这里我们要有哪些信誉好的足球投注网站整个序列，不填 5.选择有哪些信誉好的足球投注网站数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。 是否有哪些信誉好的足球投注网站保守区域数据库（cdd），蛋白序列有哪些信誉好的足球投注网站才有。 我们选上 * 6.限制条件，我们限制在病毒里面找。 7.其他选项保持默认值 打分矩阵 * 8.输出格式选项保持默认值 9.点击开始有哪些信誉好的足球投注网站 * 10.查询序列的一些相关信息 在cdd库里面找到两个保守区域，点击可以进入 * 图形结果 * 匹配序列列表 * 具体匹配情况 * 思 考 题 1. 序列的同源性和相似性有什么区别？ 2. 在网上查询一个序列信息的步骤有哪些？ * * 双脱氧末端终止法测序的原理、过程和目标基因序列的分析 教 师：程 琳 2011 年 11 月 分子生物学实验 * 实 验 目 的 1、通过本实验了解双脱氧链终止法的基本原理，掌握DNA测序的基本方法； 2、学会序列查询、核酸及蛋白质的同源性有哪些信誉好的足球投注网站和比对。 * DNA测序技术主要有两种方法，都是在20世纪70年代中期发明的。 A. 双脱氧链终止法（the chain termination method），是通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链来读取待测DNA分子的顺序。 B. 化学降解法（chemical degradation method），是将双链DNA分子用化学试剂处理，产生切口，用同位素标记进行测序。 一、DNA测序的方法 * 1. Sanger双脱氧链终止法测序原理 利用DNA聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA核苷酸顺序的方法，是由英国剑桥分子生物学实验室的生物化学家F. Sanger等人于1977年发明的。 * 基本原理： 聚丙烯酰胺凝胶电泳可以区分长度只差一个核苷酸的DNA分子； 利用DNA聚合酶不能够区分dNTP和ddNTP的特性，使ddNTP参入到寡核苷酸链的3’-末端。因为ddNTP 3’不是-OH，不能与下一个核苷酸聚合延伸，从而终止DNA链的增长。 * * 2、具体操作： 测序时分成四个反应, 每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A, C, G, T核苷三磷酸（称为ddATP, ddCTP,ddGTP, ddTTP）, 然后进行聚合反应。在第一个反应中, ddATP会随机地代替dATP参加反应，一旦ddATP加入了新合成的DNA链，由于其第3位的-OH变成了-H, 所以不能继续延伸,于是第一个反应中所产生的DNA链都是到A就终止了。 * 同理第二个反应产生的都是以C结尾的; 第三个反应的都以G结尾, 第四个反应的都以T结尾, 电泳后就可以读出序列了. * 假如有一个DNA, 互补序列是GATCCGAT, 我们试着做一下: