CANOCO在中CCA使用中的应用步奏.doc

CANOCO在中CCA使用中的应用步奏 以下为详细步骤，具体如何使用Canoco for Windows 4.5软件包完成Canonical Correspondence Analysis (CCA) 分析，软件包的大部分程序都将在步骤中涉及，鉴于分析中所采用的数据集，可以基于Canoco测试版重做这些分析。 (提醒 Canoco测试版C:\Canoco，如果在别的地方重新安装，请恰当的调整文件夹路径。) 四个: 借助WCanolmp导入电子表数据 借助Canoco for Windows进行CCA排序 借助CanoDraw画出排序图 修正CanoDraw 排序图 一、借助WCanoImp导入电子表数据 打开路径C:\Canoco\Samples\dune_env.xls中的Excel文件，当然也可以使用其他形式。在表，选择整个矩形区域的数据，包括第一行（含变量名称）和第一列（含样本名称），然后复制数据到剪贴板（使用Excel中的EditCopy菜单命令）从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单WCanoImp。 快捷菜单中WCanoImp 2.此时，WCanoImp程序，这里我们选择保存数据为Condensed格式（如果数据包括很多0值的话，这对于物种数据很常见，那么浓缩格式可以节省文件空间）。核对以下选项后，就可以点击保存按钮了（）。 图2 WcanoImp的文件保存 3.此时一个文件选择框，选择文件路径C:\Canoco\Samples，同时输入文件名 duneenv2.dta不要输入duneenv.dta，因为这个文件已经存在将覆盖（你确认），点击按钮。 之后弹出一个，可以输入一段描述的文字（最多80 字节）由WCanoImp生成一段文字被突出显示，可以通过输入文字直接替换。点击“OK”按钮，有提示框提醒“你的文件成功创建”，再次点击“OK”按钮后，又回到WCanoImp窗口。 二、借助Canoco for Windows进行CCA排序 从快捷菜单中打开Canoco for Windows的子菜单（见数据导入第个步骤），此时选择Canoco for Windows项，打开的时候会有日期提醒（已转换日期），继续。此时，Canoco for Windows的工作区是空的，在开始分析之前，我们必须创建一个新的项目，如可以通过工具栏上的“New project”快捷键（）。 图3 Canoco for Windows新项目的创建 2.点击“New project”按钮之后，会出现新的项目窗口（Project View）和登录窗口（Log View），同时项目建立向导也会自动启动（）。CCA试图通过环境数据解释物种关系，如果我们想同时分析物种数据（主数据）、环境数据（从数据）以及相应的梯度，则必须首先选择第一个向导页的复选框（），确认后点击向导页下方的“Next”按钮。 图4 数据关系的选择 3.下一页，2个文件作为排序结果的储存部分（Canoco结果文件）。由于前一页的选择，协变量补充性环境变量）是的。此时，你可以直接在默认路径中输入文件名，也使用“Browse”按钮去查询数据文件所在（），应该按照下图填写路径，除非你的Canoco安装目录不在C:\Canoco。 图5 数据文件的选择 4.点击“Next”按钮后，向导页出现了分析方法的选择，这里选择CCA，当然你也可以尝试向导页右上方的“？”按钮，点击后你的鼠标变成一个问号标志，放到任何一个标签上面都可以得到具体信息，如想获得整个向导页的说明，则可以点击向导页底部的“Help”按钮。下一页，要选择分类排序的比例，此时保持默认值，如想更清楚了解这一选择，你也可以尝试阅读“Help”文本。继续下一页，给我们提供物种数据转换的几种方法，对于我们的数据，物种数值大体处于对数比例，因此我们保持默认的“不转换”，继续点击“Next”。这一页 “数据编辑选择” （）是数据分析的核心部分，通过选择特定的复选框，你可以通过分析移除某些样本、物种或是环境变量，改变它们的比重或是让它们作为补充成分。此外，你也可以通过（原始环境变量的动力和产量）扩展解释变量。为保证我们的展示简单，我们没有选择任何一个复选框且忽略了大部分的向导页。 图6 数据编辑选择 8.下一页允许进行环境变量的预选，除了手动预选之外，可以借助CANOCO 3.x的自动预选，它可以为个体解释变量的微量和受制约的影响提供快速的概括（见 The Package: The Canoco for Windows module）。在此时说明中，我们依然保持默认（即使不采用预选），继续点击“下一步”。下一页“”主要涉及蒙特卡洛置换检验，我们将为之展示Canoco for Windows最简单的置换检验。首先选择左