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* BMC Genomics. 2010 Jul 13;11:431. Deep sequencing discovery of novel and conserved microRNAs in trifoliate orange (Citrus trifoliata). Song C, Wang C, Zhang C, Korir NK, Yu H, Ma Z, Fang J. Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China. BMC Plant Biol. 2010 Jun 24;10:123. Diverse set of microRNAs are responsive to powdery mildew infection and heat stress in wheat (Triticum aestivum L.). Xin M, Wang Y, Yao Y, Xie C, Peng H, Ni Z, Sun Q. China Agricultural University, Beijing, 100094, China. Cell Res. 2010 Jun 15. [Epub ahead of print] Identification and characterisation of microRNAs in raw milk during different periods of lactation, commercial fluid, and powdered milk products.Chen X, Gao C, Li H, Huang L, Sun Q, Dong Y, Tian C, Gao S, Dong H, GuaZhao S, Li L, Zhu L, Yan Q, Zhang J, Zen K, Zhang CY. Nanjing University, Nanjing, Jiangsu 210093, China. n D, Hu X, PLoS One. 2010 May 19;5(5):e10698. Identification of miRNA from Porphyra yezoensis by high-throughput sequencing and bioinformatics analysis. Liang C, Zhang X, Zou J, Xu D, Su F, Ye N. Qingdao University of Technology and Science, Qingdao, China. BMC Genomics. 2010 Mar 3;11:148. MicroRNAs of Bombyx mori identified by Solexa sequencing. Liu S, Li D, Li Q, Zhao P, Xiang Z, Xia Q. Southwest University, Tiansheng Road, Beibei, Chongqing 400715, PR China. 降解组测序 (Degradome Sequencing) miRNA作用机制 降解组测序：筛选miRNA靶基因 降解组技术原理 建库时间：6天 测序平台：HiSeq 2000 测序策略：50 SE 建库流程 Nature biotechnology 2008,26(8) : 941-946 生物信息分析流程 1 初级分析（去低质量序列、去接头、去污染，得到clean reads） 2 参考序列定位 3 RNA分类注释（鉴定样品中的rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等非编 码RNA及含量分布） 4 候选靶基因筛选（样品表达了的mRNA） 5 鉴定靶基因（统计降解位点信息） 6 鉴定mRNA-miRNA配对信息（从miRBase 16.0指定范围，寻找与降解 的mRNA相关的miRNA，并做出示意图）? ?? ?注：需提供物种的参考基因组及基因注释信息，如果没有全基因 组信息也可提供cDNA序列信息。 生物信息分析内容 降解组 小RNA mRNA miRNA mRNA-miRNA解析方向 背景介绍 UHRR 和HBRR 每个样品有4 个平行实验的结果，取 4 个平行实验结果的平均值作为qPCR 定量结果 * * * RT-PCR(real-time PCR),实时聚合链酶反应，R
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