中科大 Materials Studio 培训教程 2(包你学会!)解析.ppt

* Materials Studio 提供了 3D Atomistic Collection documents ，在这样的文件中，可以显示几组原子或分子，组与组之间无作用。用于晶体与晶体之间、分子与分子之间结构的比较。 * File / New... 打开 New Document 对话框，选中 3D Atomistic Collection ，单击 OK 按钮。 * 在 Project Explorer中，选中 my_quartz_alpha.xsd ，单击右键，选择 Insert Into 。则my_quartz_alpha.xsd 结构出现在3D Atomistic Collection.xod中。 对 quartz_alpha.xsd重复此操作。这样my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd两个结构都出现在3D Atomistic Collection.xod中。 * 在3D Atomistic Collection.xod中， 可用键盘上的上、下、左、右键转动这个重叠结构，从多个角度观察二者是否重合。由下图可见，两个版本的结构一致。 * 同样，将my_quartz_alpha.xsd和TON.xsd两个结构都放在3D Atomistic Collection.xod中。由下图可以看出，二者结构不重合。 * 保存文件 File / Save Project 关闭窗口 Window / Close All 七. 建造聚甲基丙烯酸甲酯 目的: 介绍聚合物建模工具 模块: Materials Visualizer 前提: 已有一个 project 引言 聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)是一种重要的商业热塑性材料，在玻璃、上光等行业有重要应用。生产上通常使用过氧化物(或含氮的前驱物），或者通过加热、光化学引发，通过甲基丙烯酸甲酯自由基的聚合反应，合成聚甲基丙烯酸甲酯。在这个例子中，将使用MS 的聚合物建模工具来构造全同立构PMMA 的20 个基体，进而进行结构和性质的模拟和研究。 注意MS Modeling 允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(block copolymers)、无规共聚物(random copolymers)和多分叉枝晶聚合物(dendrimers)。 内容 1. 构造全同立构PMMA 2. 选择并且标记一个单独的重复单元 3. 研究结构 1. 构造全同立构PMMA * 选择Build 菜单中Build Polymers 下的Homopolymer。均聚物对话框出现。 * 在Polymerize 栏单击Library 下拉菜单，找到acrylates。在Repeat Unit 下拉菜单选择methyl_methacrylate， * 现在检查Tacticity 下拉菜单。 注意：在立构规正度(Tacticity)中包括了等规立构(Isotactic)、间规立构(Syndiotactic)和无规异构(Atactic)三种。此时选择等规立构(Isoactic)。 * 接下来在Chain Length 中输入20。 * 在Advanced 栏中，将Torsion 设定为60。现在已经在软件中设置好了参数，可以构造一个具有20个重复单元的全同PMMA 分子。单击Build 就可以产生一个新的Polymethyl_methacrylate.xsd 文档，其中包括了20 元PMMA 聚合分子。 * 按下Sketch 工具栏上的Clean 按钮 ，将获得更合理的几何结构。 一般地，需要更进一步的几何优化，例如使用Forcite 模块中的能量最小化功能。 2. 选择并且标记一个单独的重复单元 * 在3D 视窗上单击鼠标右键，出现快捷菜单，选中Select Repeat Unit methyl_methacrylate选项。单个的甲基异丁烯酸盐分子以黄色高亮显示。 * 同前，首先改变结构的显示方式，将其设定为线状模型。 * 单击PMMA 分子上的任意一个原子(需要使用Zoom 功能以方便操作)，选中原子以黄色高亮显示。 * 在Display Style 对话框的Atom 栏中，选择Ball and Stick，关闭对话框。单个选中的聚甲基丙烯酸甲酯分子重复单元以球棍模型显示。 * 保持单个重复单元在选中状态，在3D Viewer的空白区域单击右键，选择Label，则标记对话框打开。 * 在Object Type 下拉菜单中，选择Repeat Unit。 * 在Properties 区域，选择Name。 * 在对话框的Font 部分，将字体的大小