RNA二级结构的分析全解.ppt

RNA二级结构的分析 RNA是一条单链，X射线衍射已经证明，RNA的许多区域自身发生回折使许多配对的碱基相遇想形成茎环结构，不能配对的则形成突环结构，约40%-70%的核苷酸形成上述结构。所以RNA是含短的不完全的螺旋区多核苷酸链。 常见的一些RNA二级结构预测软件 RNA分析类 ??????????? RNA draw 1.1 b2 RNA draw 1.1b2 RNA二级结构分析软件。 RNAstructure 5.6 Unix平台软件mfold的java版本。 RnaViz 2.0 界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成发表质量的二级结构图，可显示一些特殊结构。 loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级结构的软件，需要安装JAVA虚拟机。 Circles 0.1.1 使用比较的方法分析RNA二级结构软件，并以标准格式输出预测的二级结构。 SStructView 1.2 用JAVA脚本语言写成的RNA二级结构显示软件。 Vienna RNA Package 2.1.6 维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包。 XRNA 1.2.0b 基于java的生成、显示、注释RNA二级结构的软件，可很容易地编辑、修改、生成发表质量的RNA二级结构图。 PseudoViewer 3.0 RNA二级结构显示软件。 OligoEngine 2.0 RNAi设计软件。 pknotsRG 1.3 预测RNA二级结构软件，包括pseudoknots（假扭结）结构。 RNAshapes 2.1.6 分析RNA二级结构软件。 Vienna RNA Package Vienna RNA Package是目前最流行的基于最小自由能的RNA二级结构分析的软件包。下载地址为： http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ 也可以使用远端的服务器版本，http://rna.tbi.univie.ac.at/ 一 RNAfold：打开服务器版本上的RNAfold web server RNA的结构以dot-bracket notation （括号和点）的形式显示，即 (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). 可以点击you kan dowlond the minimum free energy structure in vienna Format ct Format 结果界面中会提供minimum free energy （MFE）prediction 和thermodynamic ensemble prediction两种预测结果。其中MFE用的是最小自由能的结果。而ensemble prediction指的是综合最小自由能结构和一系列次优自由能结构后得到的一个统一结构。一般情况下我们可以使用最小自由能结构。 结构界面上会显示预测的结构，并且以颜色标记。颜色越偏向红色，表明对应碱基处于配对的概率越大。 二 RNAalifold web server 基本原理和RNAfold server一致，但是RNAalifold server考虑的是多条比对好的序列，并预测这一组序列里保守二级结构（consensus secondary structure）。 输出clustal W或者FASTA格式的比对序列（也可以通过文件上传） 在结果中只给出了consensus structure，并且以不同颜色标记不同的配对类型。而颜色的深浅则表示在用来预测的所有序列中，具有这种配对类型的序列的比例。 三 RNAz web server RNAz web server用来寻找比对序列中存在的保守二级结构。它与RNAalifold的最大区别在与RNAalifold只是计算给定序列的consensus structure，并不评价这种结构的保守性。 RNAz web server有两种运行模式，第一种是单序列模式，即给定一组比对序列，RNAz自动寻找该比对序列中的保守结构，另外一种模式是分析基因组中保守的二级结构。需要注意的是RNAz通过滑动窗口预测保守结构的，因此提交的序列应该足够长。 输入或者上传比对好的序列。RNAz支持的比对文件格式有ClustalW、FASTA、PHYLIP、NEXUS、MAF和XMFA。程序可以自动判断序列格式。 上传序列后，点击Proceed。出现参数设置选项。 Slice alignment longer than：指的是只有长度超过这个值的序列才进行分析。 Window size：设置滑动窗体的大小。 Step size：设置