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计算机辅助CDK6抑制剂先导化合物初步设计及化合物活性的测定 作者：马国光，郭坤元，尚振川 【关键词】 计算机辅助药物设计 Computerassisted primary design of lead compounds of CDK6 inhibitors and determination of their bioactivity 　　【Abstract】 AIM: To primarily design the lead compounds of CDK16 inhibitors based on CDK6 structure and to test their bioactivity. METHODS: Using LigBuilderv1.2 ［a kind of computerassisted drug design (CADD) program］, we tried to design new lead compunds of CDK6 inhibitors by method of de novo design and according to Lipinski rule, and test their IC50 by MTT assay. RESULTS: We got the structures of 50 new chemical compounds as the lead compounds for further drug filtering, and 3 of 8 compunds we synthesized successfully had a bioactivity between 220 and 310 μmol/L. CONCLUSION: The new compunds have some inhibitory activity and the efficiency of finding lead compounds can be improved with the help of CADD. 　　【Keywords】 CADD; CDK6 inhibitor; IC50 　　【摘要】 目的： 初步设计CDK6抑制剂先导化合物，并测定化合物活性. 方法：利用计算机辅助药物设计（CADD）程序LigBuilderv1.2，依据Lipinski法则，采用从头设计、片断生长的方法，在Linux操作系统下，设计全新CDK6抑制剂化合物；MTT法测定化合物IC50. 结果：得到50种化合物结构并成功合成8种，经测定其中3种有活性（IC50在220~310 μmol/L间）. 结论：新型CDK6抑制剂化合物具有一定抑制活性，CADD可以大大提高先导化合物发现的效率，加快新药研究的步代. 　　【关键词】 计算机辅助药物设计; CDK6抑制剂; IC50 　　0引言 　　根据肿瘤干细胞理论［1-3］，干细胞相关基因及其编码蛋白是对于肿瘤的发生、维持具有重要意义. 近年来的研究表明［2-4］，BMI1信号通路不仅对于维持干细胞的生物特性具有重要意义，而且在肿瘤发生过程中也扮演重要的角色. 本研究试图从BMI1信号通路的重要组分，细胞周期素依赖性蛋白激酶（CDK6）入手，利用计算机辅助进行药物设计，以期找到可以对该信号通路进行干预的良好的先导化合物，为进一步药物筛选打下良好的基础. 　　1材料和方法 　　1.1CADD（计算机辅助药物设计）获得CDK6活性位点： 建立参数文件cdk6pocket. index，进入LibBuilder程序pocket子程序，运行pocket,得到CDK6的活性位点信息. 用C自行设计程序取得CDK6活性口袋的坐标信息，并查找配体p16ink4d位于活性口袋的原子坐标信息. 选取其中的原子N， CA， C，0结构信息作为种子结构,用Hyperchem正确加氢后存储为mo12文件. 　　获得配体： 根据Lipinski法则编辑参数文件cdk6grow. index,进入LigBuilder子程序grow,运行grow，选取50个生成结构，在Linux Red Hat9.0操作系统下，CPU为AMD Athlon1800+的PC上运行时间为1.5 h. 编辑process参数文件，运行process，得到结果文件. 　　1.2细胞株的培养急性白血病细胞系K562（本室保存）细胞在含100 mL/L热灭活小牛血清的RPMI 1640培养液中常规培养传代（37℃, 50 mL/L CO2）. 10种化合物分别溶于三蒸水中，配成5×10-3 mol/L储存液储存在-20℃，对照