- 1、本文档共11页,可阅读全部内容。
- 2、有哪些信誉好的足球投注网站(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
生物信息学复习题
名词解释
生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez,BLAST,查询序列(query),打分矩阵(scoring matrix),空位(gap),空位罚分,E值, 低复杂度区域,点矩阵(dot matrix),多序列比对,分子钟,系统发育(phylogeny),进化树的二歧分叉结构,直系同源,旁系同源,外类群,有根树,除权配对算法(UPGMA),邻接法构树,最大简约法构树,最大似然法构树,一致树(consensus tree),bootstrap,开放阅读框(ORF),密码子偏性(codon bias),基因预测的从头分析法,结构域(domain),超家族,模体(motif),序列表谱(profile),PAM矩阵,BLOSUM,PSI-BLAST,RefSeq,PDB数据库,GenPept,折叠子,TrEMBL,MMDB,SCOP,PROSITE,Gene Ontology Consortium,表谱(profile)
。
问答题
1)生物信息学与计算生物学有什么区别与联系?
2)试述生物信息学研究的基本方法。
3)试述生物学与生物信息学的相互关系。
4)美国国家生物技术信息中心(NCBI)的主要工作是什么?请列举3个以上NCBI维护的数据库。
5)序列的相似性与同源性有什么区别与联系?
6)BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么?
7)简述BLAST有哪些信誉好的足球投注网站的算法。
8)什么是物种的标记序列?
9)什么是多序列比对过程的三个步骤?
10)简述构建进化树的步骤。
11)简述除权配对法(UPGMA)的算法思想。
12)简述邻接法(NJ)的算法思想。
13)简述最大简约法(MP)的算法思想。
14)简述最大似然法(ML)的算法思想。
15)UPGMA构树法不精确的原因是什么?
16)在MEGA2软件中,提供了多种碱基替换距离模型,试列举其中2种,解释其含义。
17)试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。
18)如何用BLAST发现新基因?
19)试述SCOP蛋白质分类方案。
20)试述SWISS-PROT中的数据来源
21)TrEMBL哪两个部分PSI-BLAST 有哪些信誉好的足球投注网站的5个步骤。
操作与计算题
如何获取访问号为U49845的genbank文件?解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息:
LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999
利用Entrez检索系统,对核酸数据有哪些信誉好的足球投注网站,输入如下信息,将获得什么结果:
AF114696:AF114714[ACCN]。
3) 相比使用BLAST套件有哪些信誉好的足球投注网站数据库,BLAST2工具在结果呈现上有什么优点?
MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为MEGE格式的多序列比对文件?
什么简约信息位点Pi?
以下软件的主要用途是什么?
RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction.
7) 为下面的序列比对确定比对得分:匹配得分= +1,失配得分= 0,空位得分= -1。
TGTACGGCTATA
TC - -CGCCT –TA
8) 用UPGMA重建系统发生树,距离矩阵如下:
物种 A B C D B 9 C 8 11 D 12 15 10 E 15 18 13 5 9)画出4个物种的3棵不同的无根树.这4个物种在某位置上的核苷酸分别是T,T,C和C,为每个内部节点推断的祖先序列标出最可能的候选核苷酸,3棵可能的无根树中有几棵是一样简约的(因为他们有最小替换数)?有几棵树的替换树是2?有大于2个替换的树吗?
10)如何将所研究的蛋白质与其他相关蛋白质做结构比对。
答案部分
一、名词解释:
生物信息学: 研究大量生物数据复杂关系的学科,其特征是多学科交叉,以互联网为媒介,数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析,并以生物学知识对结果进行解释。
二级数据库:在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步的整理。P11,第2段。
FASTA序列格式:是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串,大于号()表示一个新文件的开始,其他无特殊要求。
genbank序列格式:是GenBank 数据
您可能关注的文档
最近下载
- 《蔚来公司盈利能力评价的案例分析》12000字.docx
- 2024年初级会计职称《初级会计实务》精讲课件-第十章--政府会计基础.pptx VIP
- Unit 6 Useful numbers PartA(3) Letters and sounds 课件 人教版(PEP)英语三年级上册.pptx
- 《Canon 5D2完全指南》.pdf
- 北京市海淀区名校2023-2024学年高二上学期生物第一次月考试卷.docx VIP
- 中医与西医临床科室的会诊、转诊制度.doc VIP
- OITEK海洋仪器6240 10A微欧计中文用户手册.pdf
- 2023-2024苏教版三年级上册《科学》全一册全部教案.doc
- 中华民族共同体概论课件专家版12第十二讲:民族危亡与中华民族意识觉醒(1840-1919).pptx VIP
- 实用新型专利申请模板.doc
文档评论(0)