计算机化学全解.ppt

设置其他参数 Atom Fill:选Shadowed color Color 其他可用默认值 设置结构的显示方式 量取键长、键角、二面角 选择对象：Edit→Slect→select atom 量取键长、键角、二面角 键长和键级：用鼠标指向相应的键 键角：选择三个原子，单击第一个原子， 按住Alt键，再单击其他原子。 二面角：选择四个原子。 改变键长、键角、二面角 选择对象 object →set bond length object →set bond angle object →set Dehedral angle 在右边窗口出现其数值，进行修改即可 分子力学和量子化学计算 分子力学计算 1.几何优化 MM2力场:MM2→Minimize Energy →Run 或Mechanics→ Minimize Energy→Force Field → MM2→Minimize Energy→Run MM3力场：Mechanics→ Minimize Energy →Force Field→ MM3→Minimize Energy →Run 显示几何参数： Analyze/show measurements 2. 分子动力学模拟 MM2→Molecular dynamics→Run 3. 性质计算(键级、空间能) MM2→Compute properties Pi键级：Pi Bond Order 总空间能：Steric Energy Summary 空间能细项：Steric Energy Detail 或Mechanics→Compute properties: 总空间能：Steric Energy Summary 空间能细项：Steric Energy Detail 量子化学计算 可进行几何优化、分子电子结构、过渡态、振动光谱、电子光谱等性质的计算 。 (1)MOPAC：半经验量子化学计算 AM1，MINDO/3, MNDO, PM3 (2)从头算量子化学方法 Gamess Gaussian 性质计算 选择菜单“Analyze/Compute properties” 选择“Available”中要计算的性质 单击“add”按钮 单击“OK”，即算出分子的性质。 例如甲苯的沸点为399.895K §2 HyperChem量子化学的程序包 功能： 包括分子三维结构的构建与显示 多种分子力学、量子化学方法的计算 计算结果的图形化显示等功能。 §2.1建立、显示分子骨架模型 程序包含有实验数据构成的数据库（键长、键角、二面角等），可迅速构成分子体系骨架，建立起3D、2D分子模型。 可打开的如Chemoffice等程序建立的分子结构，文件类型有：Hin, ent, skc, yz, hdf, mol, zmt,ml2, chm 计算机化学 计算机与化学 计算机化学 计算化学 理论化学 量子化学 计算机化学 应用计算机技术进行化学研究的科学。 核心：化学信息，即化学结构、结构与性质的关系。包括： 结构模型构建，化学信号测量，化学图谱解析，分子结构表征，化学数据与图文处理，化学数据挖掘，化学数据库建立，化学文献检索 计算化学 核心是计算。包括化学结构的计算和化学规律的计算。 采用量子化学、分子力学、分子动力学等方法分子或物质的微观结构和物理、化学及生物学行为和过程。 理论化学 运用非实验的的推算来解释或预测化合物的各种现象和性质。 作用：解释物理化学现象和性质，预测物理化学现象和性质，验证、修正和发展化学理论，提出新的理论或计算方法。 分支：量子化学，计算化学（方法与编程），分子模拟，数学化学 主要理论方法：量子化学，分子力学（经典力学研究势能面），分子动力学（经典力学模拟粒子的运动。 量子化学 运用量子力学的基本原理研究化学问题。薛定格(Schr?dinger)方程。 量子化学的发展阶段： 1927~1959：量子力学的创建，化学键理论（1927年鲍林的价键理论，1928年马利肯的分子轨道理论，1929年贝特等的配位场理论）的创建。 1961－现在：计算方法和程序。半经验分子轨道法，从头算计算方法，密度泛函方法。 量子化学的研究内容 基础研究：理论和计算方法。 应用研究：应用量子化学处理化学问题，解释和预测化学性质和现象。 研究内容：结构及其稳定性，性质（极性、氧化还原性、光电磁性等），结构与性质的关系，分子内与分子间的相互作用，反应机理。 分子模拟 采用计算机和图形学、量子化学、分子力学、分子动力学等化学理论和计算方法模拟化学体系（分子聚集体）的微观结构和运动过程。 如药物分子与蛋白的对接，蛋白质对接，热力学过程等。 常用化学软件简介 结构