【2017年整理】副粘病毒Tianjin株NP,P,M及L蛋白的生物信息学分析.doc

PAGE 2 微生物学通报 2008, Vol.35, No.1 石立莹等: 副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析 PAGE 1435 /wswxtbcn /wswxtbcn 微生物学通报 SEP 20, 2008, 35(9): 1433~1438 Microbiology ? 2008 by Institute of Microbiology, CAS tongbao@ 研究报告 研究报告 基金项目：国家自然科学基金资助项目(No. *通讯作者：Tel: 022 : sly.good@126.com 收稿日期：2008-02-24; 接受日期：2008-05-09 副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析 石立莹 李 梅 李晓眠* 何健民 袁立军 (天津医科大学基础医学院微生物学教研室 天津 300070) 摘 要: 为了进一步明确副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位, 探讨其高致病性的机制。对Tianjin株NP、P、M及L蛋白进行了生物信息学分析。进化树显示：Tianjin株属于副粘病毒亚科呼吸道病毒属, 且很可能为仙台病毒新的基因型。相似性比较表明, P蛋白变异最大, 相似性仅为78.7%~91.9%; L蛋白相似性最高, 为96.0%~98.0%。序列比对显示：NP蛋白氨基酸序列中存在15个独特的变异位点, P蛋白存在29个, M蛋白存在6个, L蛋白存在29个。这些独特变异位点的存在很可能是导致Tianjin株在宿主来源和致病特点等方面与已知仙台病毒株具有较大差异的原因。 关键词: 副粘病毒, 仙台病毒, 狨猴, 生物信息学 Bioinformatics Analysis of the NP, P, M and L Protein of Paramyxovirus Tianjin Strain SHI Li-Ying LI Mei LI Xiao-Mian? HE Jian-Min YUAN Li-Jun (Department of Microbiology, College of Basic Medical Science, Tianjin Medical University, Tianjin 300070) Abstract: In order to demonstrate the taxonomic position of paramyxovirus Tianjin strain and explore its mechanism of pathogenesis. Bioinformatics methods were used to analyze the deduced amino acid sequences of NP, P, M, and L protein of Tianjin strain. Phylogenetic analysis based on NP, P, M, and L protein sequences demonstrated that Tianjin strain belonged to the genus Respirovirus, in the subfamily Paramyxovirinae and most likely a new genotype of Sendai virus. Sequence similarities comparisons indicated that Tianjin strain P protein was poorly conserved, sharing only 78.7%~91.9% amino acid identity with 6 known Sendai viruses, while L protein was the most conserved, having 96.0%~98.0% amino acid identity with other Sendai viruses. Multiple-sequence alignments of Tianjin