生物信息学序及附录.docVIP

生物信息学 基因和蛋白质分析的 实用指南 ? ? ? ? 编辑 Andreas D. Baxevanis Genome Technology Branch National Human Genome Research Institute National Institutes of Health Bethesda, Maryland B. F. Francis Ouellette National Center for Biotechnology Information National Institute of Health Bethesda, Maryland 　 　 　 　 　 　 　 ADB将本书奉献给他的母亲Anastasia，并纪念他的父亲Demetrios，他们的智慧和爱是守护他一生的力量。 BFFO以本书纪念Angelos Kalogeropoulos，一位朋友和生物信息学科学家，他的风采令人深深怀念。 序言　 过去十年中，全世界的分子生物学家们所收集的原始信息不断激增。在不太久之前，这些信息的分析整理工作只有不情愿的研究生去做，因为他们对摆弄试管比敲击键盘更有兴趣，而现在有很多人已全身心地投入了这个领域。生物信息学正处于新兴萌芽中，它可以不严格地定义为分子生物学和计算生物学的交叉，这个领域中已经产生了大量重要的发现，并有希望揭示更多大自然的奥秘。对大多数人而言，生物信息学的吸引力在于它是生物学中崭新和有待开垦的领域；而对其他人，其吸引力蕴藏在简化论者对化学层次上的细节的热爱和系统遗传学家对了解各物种体系之间内在关系的兴趣之中。 生物信息学的好处早已作为谈资得以广泛宣扬，它被宣称是能解决一切痼疾的仙丹，或是肢解序列数据的强大工具，或简称之为搞科学一条迷人途径。而实际上，生物信息学是在艰难而有意义工作中的一种新的方法。这一领域中，研究方法大多在不断变化并有待发展和完善，与当年生物化学的黄金年代并无不同，那时人们选择各种能溶解和分析目标分子的手段，不象如今生化实验室中所用技术要成熟和精巧得多。然而，在生物信息学被推向前进的竞赛中，一些人曾企图将其从科学分支降级为购买了合适工具包就完成的功能。而维护了生物信息学在科学领域中地位的正是学术用户群体本身，无论他们是在私立大学里还是在政府赞助的研究中心里。生物信息学中已取得的卓越进展就蕴藏在从收集整理原始数据，到开发更新更强的数据处理方法的工作之中，而且一切均处于信息和技术自由共享的环境里。生物信息学群体的独特之处在于，在商业部门之外，其“团体精神”比生物学中许多竞争性领域要开放得多。由此想法，本书试图能让那些想了解更多序列分析方法的科学家跳进书中，来体验令人着迷的科学旅途。通过这本书，我们希望读者能认识到这些方法的严格性，并且明白，与实验并无不同，控制器的运转和弄清哪种方法能解决或不能解决何种问题，是至关重要的。总之，我们鼓励读者不妨一试。 这里，我们要共同感谢许多同仁，若非他们的帮助本书就难以实现。首先要感谢的是分别完成此书各章节的诸位作者。他们专业的见解与专家的观点，以及他们在巨大时间压力下仍友善地配合，使我们感到与这些女士和先生们一同合作十分愉快。 本书中极大部分内容均得益于在NIH的国家生物技术信息中心（NCBI）所开发的工具和数据库，我们要感谢NCBI的全体成员，为他们辛勤的工作，也为了他们耐心负责地维护着这些公共数据库，更重要的是为他们使这些数据库具有最高的质量和更方便地被科学工作者们访问。那些从事计算生物学的科学家们一贯对他们的成果十分慷慨，制作了自由访问的工具和专门数据库。否则，连最基本的序列分析研究也是无法做到的。我们要感谢参与这些项目的所有成员，包括这里未曾特别提及的，因为是他们造就了这个以序列为基础的新生物学时代的许多辉煌成就。 我们还要感谢本书编辑Ann Boyle的耐心帮助、鼓励和支持。这本书也包含了我们的很多第一次，因而在学习出书的里里外外过程中，我们与她建立起了深厚的友谊。我们期待着未来能与她的再次合作。 以下来自BFFO：我要向一贯支持、热爱和信任我的妻子Nancy Ryder致谢。她对这项工作的尊重，以及她给予了我这项工作所需的空间已超越了任何誓言，我只有以更多的爱作为回报。我还要感谢Mark Boguski在四年前将我介绍至NCBI。Mark还不断引导我留意各种新鲜有趣的项目，这种持续的热情和兴趣将不断赋予我更多灵感。 以下来自ADB：我诚意地感激David Landsman的极大支持和鼓励。我与David的交情已有多年，那时他作为一个物理化学家接受作博士后，而当时他对一门称为生物信息学的领域几乎一无所知。我认为1992年的我们都无法猜到我们在教学和研究中的合作会最后会导致一本专著的产生。如果不是他在如何认识计算生物学的问题上，更加强